JOBIM 2026 - Retour sur cette belle édition strasbourgeoise

Du 30 juin au 3 juillet 2026, l’Institut Français de Bioinformatique (IFB/ELIXIR-FR) a rejoint Strasbourg pour la nouvelle édition de JOBIM, grand rendez-vous annuel de la communauté francophone de bioinformatique. Quatre jours denses et très intéressants de conférences, posters,  démonstrations et de rencontres, portés par des équipes venues de toute la France.

Dès le premier jour, le stand de l’IFB/ELIXIR-FR a été installé à l’entrée de la conférence, aux côtés de celui des JeBIF (Jeunes Bioinformaticien·ne·s de France) et de la SFBI (Société Française de BioInformatique). L’organisation de cette édition strasbourgeoise s’est appuyée en partie sur l’implication de nos collègues IFB/ELIXIR-FR en local, Valérie Cognat (comité d’organisation de JOBIM 2026), Kamel-Soaid Ferrahi, Julien Seiler et Elora Vigo, mobilisés en tant que bénévoles tout au long de l’événement.

Cette première demi-journée a été également marquée par une démonstration de l’outil madbot, présentée par l’équipe #madbotByIFB, avant de laisser place au traditionnel cocktail d’ouverture.

La deuxième journée a débuté par la session « Knowledge Graphs and Biomedical Data Integration », avec en chairperson pour les 3 présentations, Jacques van Helden, directeur adjoint de l’IFB/ELIXIR-FR. En début d’après-midi, juste avant l’assemblée générale annuelle de la SFBI, la directrice de l’IFB/ELIXIR-FR, Morgane Thomas-Chollier, était chairperson de la keynote proposée par l’IFB/ELIXIR-FR : Christophe Dessimoz (Swiss Institute of Bioinformatics SIB/ELIXIR-CH), avec une présentation consacrée aux bases de données biologiques ouvertes comme infrastructure stratégique. L’après-midi a été l’occasion pour la direction de l’IFB/ELIXIR-FR de présenter notre infrastructure, nos missions et services lors de la session « Bioinformatics Networks », aux côtés de la SFBI, du GDR BIMMM, du réseau MERIT et des JeBIF.

La troisième journée, l’IFB/ELIXIR-FR organisait et animait le mini-symposium « Orchestrer les flux de données tout au long de leur cycle de vie ». Parmi les 3 autres minis-symposium en parallèle, l’IFB était également co-organisateur des mini-symposiums « Is the structural annotation of genes in eukaryotic genomes still a challenge? » au côté du réseau CNRS MERIT et du réseau INRAE PEPI IBIS, et « International bioinformatics connection spotlighting sequencing » au côté de la SFBI, de l’IRD, de WAVE, AB3C, du LNCC et de l’Université Joseph Ki-Zerb.

Nos équipes ont ensuite présenté leurs posters. En début d’après-midi, nous avons assisté à la keynote de Sarah Cohen-Boulakia sur la reproductibilité en bioinformatique, avec Hélène Chiapello, co-responsable de l’équipe Formation de l’IFB/ELIXIR-FR, comme chairperson.

Enfin, le vendredi, deux nouvelles démos ont eu lieu en simultané, en parallèle de l’ultime session de posters, avant que l’édition strasbourgeoise ne s’achève sur la clôture et les remerciements de l’équipe organisatrice et de la SFBI.

Organisé par Thomas Denecker, Jacques van Helden, avec les contributions de Frédéric de Lamotte, Alban Gaignard, Jean-François Dufayard, Nadia Goué et Hamid Ouahioune, ce mini-symposium a rappelé que l’orchestration des flux de données – de la collecte des métadonnées à la mesure de leur « FAIRness », en passant par leur traitement et leur soumission – est un enjeu central pour l’ensemble des projets de recherche. La session a permis de faire le point sur les ressources existantes et émergentes disponibles pour répondre aux besoins des communautés de biologie-santé.

Après une introduction originale au tableau noir par Jacques van Helden (suite à une petite défaillance technique du vidéoprojecteur), les présentations se sont succédées en suivant le cycle de vie des données. Parmi les interventions : Sylvain Milanesi sur les plans de gestion de données et la checklist du cycle de vie d’un projet ; Valentin Loux, à travers l’expérience de la plateforme Migale (plateforme membre IFB) sur la gestion des flux de multiples projets ; Thomas Denecker et Julien Seiler sur les obligations de dépôt de données en France et les perspectives de développement de madbot ; ainsi que les retours d’expérience de Laurent Jourdren suite à leur utilisation de madbot au sein de la plateforme GenomiqueENS ; et enfin une présentation par Brieuc Quemeneur de FAIRChecker, outil de mesure de la FAIRness des données.

• madbot – madbot, a metadata and data brokering online tool to ensure the adoption of standards and FAIR principals in an open science context

Présenté par Imane Messak, Baptiste Rousseau et Elora Vigo, madbot est l’outil développé par l’IFB/ELIXIR-FR-core pour automatiser l’organisation, la description et la soumission des données scientifiques vers des dépôts comme Zenodo ou l’ENA, en respectant les standards internationaux – un processus simplifié pour des données plus ouvertes et plus accessibles.

• ViromeChat-AI – ViromeChat-AI: a conversational interface to explore viral metagenomic data in the Virome@tlas project

Présentée par Romuald Marin, cette démonstration a mis en avant l’interface conversationnelle du projet Virome@tlas, qui centralise des données mondiales sur les virus, leurs hôtes et leurs écosystèmes. Basée sur un LLM couplé à une approche RAG et adossée à une base de données Neo4j, elle permet d’interroger en langage naturel des questions complexes d’écologie, de santé ou de biogéographie, sans expertise en bioinformatique et en limitant le risque d’hallucination.

• Biosphere – Biosphere: Open access to adaptable computing resources within repeatable environments

Présentée par Matis Zouari, cette démonstration a permis de découvrir le portail Biosphere, qui met à disposition un catalogue d’environnements cloud préinstallés (RStudio, Jupyter, workflows…) pour des analyses reproductibles et adaptables à différents profils d’utilisateurs, sans expertise technique poussée, via une architecture connectée à 8 clouds partenaires.

• Interopérabilité – Structuring and Interoperability of Thematic Data Management Plans for Research Entities – Sylvain Milanesi, Saliha Zenboudji-Beddek, Jean-François Dufayard, Christophe Bruley

Développé par l’IFB/ELIXIR-FR avec le club des INBS, un modèle structuré de Plans de gestion de données (DMP) permet de décrire les pratiques des plateformes de recherche. Couplé à l’outil DSW@IFB et à une interface Python, il permet un transfert automatique des DMP vers DMP-OPIDoR, renforçant l’interopérabilité entre outils.

• ABRomics – cgMLST typing in the ABRomics web platform – Julie Lao, Raphaël Tackx, Amanda Dieuaide, Thomas Mignon, Cléa Siguret, Hugo Lefeuvre, Alix De Thoisy, Bérénice Batut, Nadia Goue, Sébastien Leclercq, Etienne Ruppe, Sylvain Brisse, Philippe Glaser, Claudine Medigue and Fabien Mareuil

La plateforme ABRomics analyse automatiquement les données de séquençage (FASTQ/FASTA) pour détecter gènes de résistance, facteurs de virulence, types de plasmides et espèces bactériennes. Son typage cgMLST, basé sur CoreProfiler et BIGSdb-Pasteur, permet une surveillance One Health croisant données cliniques, vétérinaires et environnementales.

• ABRomics – Retrieval-Augmented Generation over Genomic Reports in the ABRomics Platform – Raphaël Tackx, Julie Lao, Amanda Dieuaide, Thomas Mignon, Cléa Siguret, Hugo Lefeuvre, Alix De Thoisy, Bérénice Batut, Nadia Goue, Sébastien Leclercq, Etienne Ruppe, Sylvain Brisse, Philippe Glaser, Claudine Medigue and Fabien Mareuil

ABRomics intègre désormais un système de génération augmentée par récupération (RAG) pour analyser et contextualiser les données de résistance, via quatre modules : triage des requêtes, RAG sur segments de rapports structurés, RAG basé sur une ontologie de la résistance, et traduction texte-vers-SQL.

• ABRomics – PanGBank: a Database of Pangenome Graphs for Comparative Microbial Genomics – Jean Mainguy, Téo Lemane, Claudine Médigue, Alexandra Calteau, David Vallenet

Base de données dédiée à l’exploration des pangénomes microbiens, PanGBank rassemble plus de 4 000 pangénomes procaryotes (au moins 15 génomes par espèce), construits via PPanGGOLiN selon un pipeline Nextflow reproductible, et accessibles via une API REST et une interface web pensée pour les chercheurs non-développeurs.

• Open Science: A Catalogue of European Tools Supporting Research Data Management – Saliha Zenboudji-Beddek, Jean-François Dufayard, Sylvain Milanesi, Christophe Bruley, Anne-Françoise Adam-Blondon

Développé par ELIXIR Europe avec une contribution active de l’IFB/ELIXIR-FR, RDMkit est un guide en ligne structuré par pays, rôle professionnel ou domaine scientifique pour appliquer les principes FAIR tout au long du cycle de vie des données, incluant notamment le Data Stewardship Handbook et le RDM Maturity Model.

• RDMkit efficiently manages metabarcoding and metagenomic data – Clara Emery, Erwan Corre

Portée par les communautés ELIXIR Biodiversité et Microbiome, une nouvelle page de RDMkit dédiée au metabarcoding répond au besoin de standardiser la gestion des données dans ce domaine, en s’appuyant sur l’expertise croisée des communautés Biodiversité, Microbiome, Plantes, Nutrition et Interopérabilité.

• ATLASea – BYTE-Sea: the digital infrastructure of ATLASea, the French marine genome sequencing programme – Annie Lebreton, BYTE-Sea consortium, Erwan Corre

En trois ans, le programme ATLASea a permis de collecter plus de 7 000 échantillons (2 000 espèces, 26 embranchements) et d’assembler 220 génomes. Le portail BYTE-Sea, coordonné par l’IFB/ELIXIR-FR, centralise ces données en garantissant leur interopérabilité, leur sécurité et leur diffusion selon les principes FAIR.

• ATLASea – BYTE-Sea: Navigating IT Systems and Web Portals for Sample Tracking and Marine Data Exploitation – Loraine Brillet-Guéguen, Annie Lebreton, Wael Ben Ammar, Lucile Jeusset, Yaelle Pihan, BYTE-Sea consortium, Erwan Corre

Pour garantir la diffusion et l’accessibilité des données du programme ATLASea, BYTE-Sea a développé une infrastructure reposant sur trois portails complémentaires : un Tracker Portal pour le suivi en temps réel, un Data Portal public en libre accès, et un Marine Genomics Portal, en développement, pour l’analyse avancée des génomes.

• madbot – A national working group promoting the development, adoption, and dissemination of madbot – Imane Messak, Baptiste Rousseau, Elora Vigo, Madbot Working Group, Hélène Chiapello, Nadia Goué, Julien Seiler, Thomas Denecker

Ce poster présente le groupe de travail national réuni autour de madbot, dont l’objectif est de favoriser le développement, l’adoption et la diffusion de l’outil pour la gestion FAIR des données et métadonnées, dans une dynamique communautaire et collaborative.

• IFB – Biosphère Cloud, Multi-Cloud Infrastructure for Life Sciences – Christophe Blanchet, Matis Zouari, admins des sites Cloud

Face à la multiplicité des outils en bioinformatique, Biosphere propose un catalogue d’environnements préinstallés pour des analyses reproductibles, accessibles depuis le cloud sans expertise technique poussée, au sein d’une architecture évolutive connectée à 8 clouds partenaires.

• Cloud4SAMS: a trusted research environment to handle human gut microbiome data – Nicolas Pons, Guillaume Gautreau, Aïcha El Jai, Claudine Médigue, Cloud4SAMS consortium et al.

Porté dans le cadre du PEPR SAMS (2024-2028), Cloud4SAMS déploie une infrastructure sécurisée distribuée pour exploiter les données du microbiote humain – plus de 100 000 métagénomes ouverts depuis 2010 – tout en protégeant les informations personnelles et médicales qu’elles peuvent révéler.

• Cloud4SAMS – Balancing Open Science and Data Privacy: The Challenge of Human Microbiome Research – Guillaume Gautreau, Brieuc Quemeneur, Alexandrina Bodrug et al.

Ce second poster Cloud4SAMS détaille l’architecture mise en place pour concilier ouverture et protection des données : un catalogue fédéré de ressources basé sur les standards IFB/ELIXIR-FR et ELIXIR, des environnements sécurisés différenciés (Biosphere pour les données non sensibles, Arcana pour les données sensibles, certifié HDS), et un module de gestion des accès et autorisations.

• MetaPanG: a pangenome graph-based method for strain-level profiling of prokaryotic microbiomes – Téo Lemane, Jean Mainguy, Claudine Médigue, Alexandra Calteau, David Vallenet

MetaPanG utilise les collections de pangenomes de PanGBank pour identifier et quantifier les souches microbiennes dans des échantillons métagénomiques, ainsi que leurs familles de gènes associées. Son approche en 3 étapes (estimation de couverture, assignation des reads, inférence des souches) combine sourmash, des graphes de Bruijn annotés et des méthodes statistiques. Une solution scalable et fonctionnelle, en développement actif, avec des résultats prometteurs sur des jeux de données synthétiques.

L’ensemble de ces présentations et posters sont publiés et à retrouver dans leur intégralité dans la collection HAL de l’IFB/ELIXIR-FR-core :

Pour la prochaine édition de JOBIM, les équipes de l’IFB/ELIXIR-FR vous donnent rendez-vous à Grenoble du 6 au 9 juillet 2027 !