Retour sur le All Hands Meeting ELIXIR 2026 à Lyon

Du 8 au 10 juin, une délégation d’ELIXIR France (IFB/ELIXIR-FR) était à Lyon pour participer au All Hands Meeting ELIXIR 2026 (AHM), l’assemblée générale de l’infrastructure européenne ELIXIR. Cette 12e édition, organisée pour la première fois en France, a rassemblé des représentants des différents nœuds ELIXIR, partenaires institutionnels et scientifiques. Le nœud français était très présent, avec une délégation particulièrement mobilisée aux côtés de notre « Coordinators Triangle » et de nos co-Head of Node. Trois jours d’échanges, d’ateliers, de présentations et de rencontres pour faire le point sur les projets en cours et imaginer les suivants.

Après une ouverture de cette édition 2026 par Tim Hubbard, Directeur d’ELIXIR, Anne-Françoise Adam-Blondon, Head of Node d’ELIXIR-France et directrice adjointe de l’IFB (IFB/ELIXIR-FR), a présenté le nœud français, un moment symbolique pour notre structure – pays hôte. Andrew Smith, Head of External Relations d’ELIXIR, a ensuite présenté la position d’ELIXIR dans le paysage européen et mondial.

De la formation à la gestion des données de recherche, de l’avancement des communautés scientifiques aux questions d’équité et de diversité au sein d’ELIXIR, la délégation française a participé, animé, présenté lors de mini-symposiums, de workshops ou encore l’incontournable session posters.

Retrouvez ci-dessous les contributions de la délégation du nœud français par thématiques :

• Sur les questions de stratégie et de communautés ELIXIR :

Anne-Françoise Adam-Blondon a co-présenté un poster sur l’avenir des communautés ELIXIR, dans la continuité des réflexions engagées par le groupe de travail « ELIXIR Communities Future Focus Group ».

Cyril Pommier a participé au panel de discussion “Bridging gaps: from ELIXIR Science Tier to User Value” au nom de la coordination de la priority area Biodiversity, Food Security & Pathogens (BFSP). Cela a été l’occasion de présenter et défendre les choix stratégiques de BFSP cette dernière année. Il a également co-animé le mini-symposium Biodiversity Food Security & Pathogens Programme, et en particulier la partie 2027-2028 Work Program.

• Sur le volet formation :

Olivier Sand a participé à deux mini-symposiums : l’un consacré aux programmes ELEAD et Train-the-Trainer, l’autre dédié à la présentation de la Training Platform au sein d’ELIXIR. Ces sessions ont permis de mettre en valeur les différentes ressources produites par la Training Platform. En particulier, les bénéfices et l’impact du programme Train-the-Trainer pour le nœud français, ainsi que la Training Metrics Database (service multi-nœuds pour le suivi et le reporting des métriques de formation au sein d’ELIXIR) ont été présentés.

Olivier Sand a également présenté un poster sur la Training Metrics Database.

• Côté outils et ressources bioinformatiques :

Plusieurs membres du nœud français ont participé au mini-symposium de la plateforme Tools, intitulé « From software to science: The ELIXIR Tools Platform in action ». Une présentation de Claire Rioualen a mis en avant les communautés impliquées dans la collaboration autour du « Research Software Ecosystem » d’ELIXIR, et une présentation du projet MiCoReCa pour l’agrégation et la curation des ressources microbiennes a été faite par Bérénice Batut. Pour conclure, un panel de discussion a été animé par Hervé Ménager. Ce mini-symposium a été très bien reçu, et a fait l’objet de nombreux retours positifs.

Hervé Ménager a par ailleurs présenté un poster sur « ShareFAIR-KG, une base de connaissances centralisée dédiée aux workflows scientifiques ».

Claire Rioualen a présenté un poster intitulé « From a coffee break to EDAM MCP: a BioHackathon success story », témoignant d’une dynamique collaborative émanant du BioHackathon ELIXIR de 2023 et active à ce jour.

Alban Gaignard a co-animé, avec Claire Rioualen et d’autres contributeurs, un atelier sur l’évaluation FAIR pilotée par la communauté pour les supports de formation, les outils et les processus de travail.

• Sur le volet gestion des données de recherche :

Saliha Zenboudji-Beddek a présenté, co-signé avec ses collègues de l’IFB/ELIXIR-FR, un poster sur l’« IFB Facility DMP », un modèle collaboratif multi-omiques de plan de gestion de données pour les au sein des infrastructures nationales françaises en biologie et santé.

Anne-Françoise Adam-Blondon a présenté des success stories de publication de données sur les plantes et les animaux domestiques dans le mini-symposium organisé par la Data plateforme et Cyril Pommier a présenté un poster, co-signé avec Michael Alaux, sur les « Flavors of FAIR Digital Objects », proposant l’utilisation de Digital objects, par exemple au format RO-CRATE, comme des outils pour le développement d’espaces de données Européens.

• Sur les volets biodiversité, microbiome et métagénomique :

Bérénice Batut a présenté un poster sur le « Microbiology Galaxy Lab » et était intervenante dans le workshop “Mapping cross-project outreach and user journeys for the BFSP community” où elle a présenté les résultats du projet FAIRyMAGs. Ce workshop était co-animé par Cyril Pommier qui y a aussi en particulier pris en charge un groupe de discussion sur la cartographie des parcours utilisateurs pour la partie Plant de Biodiversity, Food Security and Pathogens (BFSP).

Solenne Correard a présenté un poster sur le Biodiversity Genomics Galaxy Lab, un hub collaboratif rassemblant des outils, workflows et supports de formation pour la génomique de la biodiversité.

Clara Emery a quant à elle, animé un atelier sur « Developing RDMkit Pages for Metabarcoding » consacré à la bonne gestion des données d’analyses de diversité au-delà de la biologie marine.

• Côté équité, diversité et inclusion (EDI) :

Laura Chabot a co-présenté un poster sur l’EDI au sein d’ELIXIR (« Equity, Diversity and Inclusion – Share Your Perspective« ) et a co-animé un atelier « From past experience to future action » visant à poser les bases d’un groupe sur cette même thématique. Cette session a réuni des participants issus de différents nœuds d’ELIXIR afin de discuter des questions liées à l’EDI. Elle a mis en évidence des priorités communes ainsi qu’un vif intérêt pour une approche coordonnée visant à faire progresser l’EDI au sein d’ELIXIR. Par ailleurs, le poster a offert un espace de dialogue supplémentaire pour le partage d’expériences et de recommandations pour de futures initiatives en matière d’EDI.

L’ensemble des présentations de l’IFB/ELIXIR-FR est à retrouver dans la collection HAL de l’IFB-core.

Accueillir le All Hands Meeting en France a représenté un moment important pour l’ensemble des équipes du nœud français. Au-delà des sessions scientifiques et des moments d’échanges informels, cette édition lyonnaise a permis de renforcer les liens avec les autres nœuds et de faire émerger de nouvelles pistes de collaboration. Rendez-vous en 2027 à Budapest (07 au 10 juin) pour la prochaine édition de ce AHM !

Pour la suite, vous pourrez retrouver les équipes d’ELIXIR-FR lors du BioHackathon qui aura lieu à Barcelone du 9 au 13 novembre 2026 !