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L’IFB/ELIXIR-FR et ses plateformes proposent un ensemble de services pour accompagner la recherche : ressources de données, outils logiciels, infrastructures de calcul, formations, science ouverte, groupes de travail et animation de communautés.
Services proposés par l'IFB/ELIXIR-FR
- ABiMS
- IFB-core
- GenOuest
Certaines plateformes proposent des services d’accompagnement (autour de la gestion des données, l’implémentation de workflows, l’analyse de données, l’interprétation de résultats, …), des collaborations de projets ou encore des partenariats avec des équipes de recherche pour le montage de projet. Vous pouvez contacter une plateforme selon votre zone géographique.
- Services pas inscrits au SDP ELIXIR* :
- Portails ATLASEA (IFBcore, ABiMS, GenOuest)
- Portail Phaeoexplorer (ABiMS)
- Portail Phaeoexplorer (ABiMS)
- MyGOD (ABiMS)
- TARA metaB ressources (ABiMS)
- Cyanorak (ABiMS)
- SDP-ELIXIR-FR :
- AgroLD
- GnpIS
- Gigwa
- GenomeHubs
- Portails: FAIDARE, WheatIS
Les ressources de données sont à retrouver directement dans le catalogue de l’IFB/ELIXIR-FR.
- Pan1c : pipe-line de création de graphes de pangénomes
- Abyss : outil de visualisation/requête de graphes de pangénomes
- metagWGS : pipe-line de traitement de données de métagénomique shotgun.
- BEAURIS
SDP ELIXIR-FR :
- Lifemap
- Phylogeny.fr
- PhyML
L’intégralité de notre offre tout domaine thématique (uniquement données non sensibles) est disponible sur notre page dédiée.
Serveur Galaxy national UseGalaxy.fr dédié à la thématique : https://biodiversity-genomics.usegalaxy.fr/
Les autres domaines thématiques disponibles sont listés sur notre page dédiée également.
- Fair-Data Miappe
- Galaxy Training Network (GTN)
- Formation metab ABiMS du SeBimer
- Formation EB3I : Assemblage annotation
- Écoles ATLASEA
Pour les formations multi-domaines, consultez l’offre de formation de l’IFB/ELIXIR-FR.
Des outils généralistes et multi-domaines sont à disposition, comme Fair-checker / madbot / DSW.
Vous pouvez par ailleurs retrouver les guidelines spécifiques à ce domaine thématique du RDMkit ELIXIR (la boîte à outils de gestion des données de recherche pour les sciences de la vie) :
- RDMkit metabarcoding (en cours de développement)
- Biodiversity
- Marine metagenomics
- Virology
- Communauté Biodiversité IFB/PNDB
- Communauté Biodiversity ELIXIR
- ERGA / BGE