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Sur le volet publications en science ouverte, l’IFB/ELIXIR-FR est engagé pour un partage en libre accès des résultats des travaux réalisés en interne. Dans ce contexte, nous publions et encourageons aux publications sur HAL.

Collection IFB/ELIXIR-FR sur HAL

La collection IFB/ELIXIR-FR sur HAL, qui regroupe les collections de nos plateformes membres et de notre unité coordinatrice, est créée depuis début septembre 2026.

Retrouvez toute la collection sur HAL

Collection IFB-core sur HAL

Toutes les publications de l’IFB-core sont présentes sur notre collection, dont sont issues les dernières publications ci-dessous.

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Dernières publications de l’IFB-core

Riocreux-Verney Benjamin, Marie Verneret, Christine Dolmazon, Shirin Ashraf, Stella Atim, et al.

Unraveling viral identity: Avoiding the trap of endogenous sequences for viral surveillance of small ruminant oncogenic retroviruses.

Microbes 2026, le 21e Congrès National de la Société Française de Microbiologie, Oct 2026, Lyon, France. ⟨hal-05737914⟩.


Julie Lao, Raphaël Tackx, Amanda Dieuaide, Thomas Mignon, Cléa Siguret, et al.

ABRomics: a platform for antibiotic resistance research and public health using an integrated "One Health" approach.

ECCB 2026 - 25th European Conference on Computational Biology, Aug 2026, Geneva, Switzerland. ⟨hal-05732017⟩.


Julie Lao, Raphaël Tackx, Amanda Dieuaide, Thomas Mignon, Cléa Siguret, et al.

ABRomics: a platform for antibiotic resistance research and public health using an integrated "One Health" approach.

ECCB 2026 - 25th European Conference on Computational Biology, Aug 2026, Geneva, Switzerland. ⟨hal-05725740⟩.


Paul Zierep, Mina Hojat Ansari, Patrick Bühler, Santino Faack, Bruno Fosso, et al.

FAIRyMAGs - a series of FAIR Galaxy workflows for the generation of metagenome assembled genomes. 2026.

⟨hal-05724928⟩.


Rodolfo Rondon, Felipe León, Marcelo González-Aravena, Elisa Bergami, Cristián Chaparro, et al.

Nanoplastic and metal-oxides transcriptomic responses and oxygen consumption analysis in the Antarctic clam Laternula elliptica.

Journal of Hazardous Materials Advances, 2026, pp. 101470. ⟨10.1016/j.hazadv.2026.101470⟩. ⟨hal-05714599⟩.


Remerciements et affiliations dans les publications

Affiliations dans les publications pour les personnels de l’IFB-core (UAR3601)

La rédaction des affiliations dans les publications pour les personnels de l’Unité UAR3601 doit se faire sous ce format :

IFB-core, Institut Français de Bioinformatique (IFB), CNRS, INSERM, INRAE, CEA, 94800 Villejuif, France.

Affiliations dans les publications pour l’utilisation de ressources physique et logicielles du NNCR

La rédaction des affiliations dans les publications qui ont bénéficié de l’utilisation des serveurs du NNCR (cluster et cloud) doit se faire sous ce format :

The bioinformatics analyses were performed on the HPC facilities of the National Network of Computing Resources of the Institut Français de Bioinformatique (IFB), funded by the Programme d’Investissements d’Avenir (PIA), grant Agence Nationale de la Recherche number ANR-11-INBS-0013

Publication résultant du financement PIA1 IFB

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PIA1 IFB, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

The French Institute of Bioinformatics (IFB) was founded by the Future Investment Program subsidized by the National Research Agency, number ANR-11-INBS-0013.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Publication résultant des financements de MUDIS4LS

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PIA4 ESR/Equipex+ MUDIS4LS, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This work received state aid managed by the National Research Agency under France 2030 for structural research equipment / EQUIPEX+ with reference ANR-21-ESRE-0048.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Publication résultant des financements des projets IFB et MUDIS4LS

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PIA1 IFB et PIA4 ESR/Equipex+ MUDIS4LS, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This work received state aid managed by the National Research Agency under France 2030 for the French Institute of Bioinformatics (IFB), founded by the Investments for the Future Program, number ANR-11-INBS-0013, as well as for structural research equipment / EQUIPEX+ with reference ANR-21-ESRE-0048.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Publication résultant des financements de ABBA

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PI4 projet ABBA (Accelerating Bioinformatics for Biology Applications), nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This work received state aid managed by the National Research Agency under France 2030 as part of the “Jouvence” program of the Health Plan, for the ABBA project with reference ANR-24-INBS-0010 IFB-ABBA..

Publication résultant des financements de ABRomics

Pour toute publication ayant bénéficié du financement ABRomics, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This (type of publication) received financial support from the Priority Research Program on Antibiotic Resistance (PPR Antibiorésistance), coordinated by Inserm and funded by the General Secretariat for Investment (SGPI).

Publication résultant des financements de BYTE-Sea

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PEPR ATLASea – Programme et Équipement Prioritaire de Recherche exploratoire, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

The exploratory research program “ATLASea: Atlas of Marine Genomes” and the targeted project BYTE-Sea (ANR-22-EXAT-0004) benefit from state aid managed by the National Research Agency (ANR) as part of the “France 2030” future investment plan.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Publication résultant des financements de Cloud4SAMS

Pour toute publication ayant bénéficié du financement Cloud4SAMS – projet ciblé du Programme et Équipement Prioritaire de Recherche SAMS, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This work received state aid managed by the National Research Agency under France 2030 with reference “ANR-24-PESA-0003”.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Utilisation de l’outil madbot

Si vous utilisez madbot dans votre travail, veuillez le citer comme suit :

Laurent BOURI, Imane MESSAK, Baptiste ROUSSEAU, Anakim GUALDONI, Elora VIGO, Matéo HIRIART, Nadia GOUÉ, Julien SEILER, Thomas DENECKER. Madbot, a metadata and data brokering online tool to ensure the adoption of standards and FAIR principals in an open science context. Gitlab repository, IFB ELIXIR France, 2025. https://gitlab.com/ifb-elixirfr/madbot

Publication résultant des financements de NEUROVASC

Pour toute publication ayant bénéficié du financement PEPR Santé Numérique – Involvement in the NeuroVasc axis, nous demandons d’inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » selon le cas :

This project received state aid managed by the National Research Agency under France 2030 with reference “ANR-22-PESN-0008”.

Les supports de communication orale, les communications par voie d’affiche, les sites internet doivent également afficher le logo France 2030. Télécharger le logo

Publication pour les autres projets

Le projet maDMP4LS (machine-actionable Data Management Plans for Life Sciences) a bénéficié du financement ANR-19-DATA-0017-01 dans le cadre de l’appel Flash “Science ouverte : pratiques de recherche et données ouvertes”.

Le projet OpenLink (Une passerelle entre les outils de gestion de données d’imagerie pour appliquer les principes FAIR) a bénéficié du financement ANR-19-DATA-0011-01 dans le cadre de l’appel Flash “Science ouverte : pratiques de recherche et données ouvertes”.

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