Inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » des publications :
Descriptif du projet
Le domaine de la génomique a connu ces 20 dernières années une révolution majeure en fournissant de nouvelles connaissances sur la diversité biologique et biochimique de la vie. La baisse du coût du séquençage ADN a permis le lancement de nouveaux programmes d’analyse ambitieux et la découverte de nouvelles espèces biologiques. Dans le domaine des sciences marines, l’exploration de la diversité représente un défi majeur, car seulement environ 10% des espèces marines sont connues et seule une centaine de génomes de haute qualité d’organismes marins ont été mis à disposition de la communauté scientifique.
Le programme ATLASea, structuré en 3 projets (DIVE-Sea, SEQ-Sea, BYTE-Sea), propose de déchiffrer et d’exploiter la mine colossale d’informations issues d’espèces marines du littoral Français. 4 500 espèces marines, avec une forte couverture des espèces de métropole mais en incluant aussi des espèces des territoires ultramarins, sont échantillonnées par le Projet Ciblé (PC1) DIVE-SEA. Les échantillons sont par la suite confiés aux équipes du Projet Ciblé (PC2) SEQ-SEA pour produire des assemblages de génome associés à des annotations structurales de haute qualité.
Et enfin, le projet ciblé (PC3) BYTE-SEA, piloté par l’Institut Français de bioinformatique, vise à centraliser toutes les données de génomiques produites par le projet ATLASea dans un seul portail et à intégrer les génomes d’organismes connexes séquencés par d’autres consortiums. Il permettra de garantir l’interopérabilité et la sécurité des données, et de faciliter leur diffusion et leur utilisation conformément aux principes FAIR et Open Science.
L’environnement développé par le projet BYTE-Sea permettra ainsi un accès aux données de séquençage de génomes d’organismes marins. Les données mises à disposition incluront des informations sur la séquence génomique, les gènes, les régions codantes et non codantes. Le portail offrira également des outils pour la recherche de séquences, l’analyse de génomes, la comparaison de génomes et la visualisation des données. Il permettra de suivre l’avancée du projet et offrira un outil de pilotage aux membres du consortium et de suivi pour la communauté.
30 juin au 3 juillet 2026 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2026
Du 30 juin au 03 juillet 2026, l’Institut Français de Bioinformatique (IFB/ELIXIR-FR) était à Strasbourg pour participer à la conférence nationale JOBIM 2026, l’événement annuel de la bioinformatique et de la biostatistique françaises.
2 posters liés à BYTE-Sea ont été présentés lors de ces quatre journées scientifiques denses :
- ATLASea – “BYTE-Sea: the digital infrastructure of ATLASea, the French marine genome sequencing programme” – Annie Lebreton, BYTE-Sea consortium, Erwan Corre
- ATLASea – “BYTE-Sea: Navigating IT Systems and Web Portals for Sample Tracking and Marine Data Exploitation” – Loraine Brillet-Guéguen, Annie Lebreton, Wael Ben Ammar, Lucile Jeusset, Yaelle Pihan, BYTE-Sea consortium, Erwan Corre
BYTE-Sea développe des interfaces permettant d’accéder aux données, de suivre l’avancement et de piloter le programme ATLASea.
1. Interopérabilité et publication des données
2. Visualisation des données
3. Annotation
4. Analyse comparative