Cette nouvelle édition du All-hands IFB-ELIXIR-FR s’est déroulée du 2 au 4 décembre 2025 à l’Institut des systèmes complexes en présence des représentants de nos plateformes membres, contributrices et équipes associées, ainsi que l’ensemble des équipes de l’IFB-core. Pour cette nouvelle édition, nous avons eu le plaisir d’accueillir le Scientific Advisory Board (SAB) de l’IFB.
Au programme des 2 premières journées, des présentations thématiques par nos représentants de plateformes IFB et personnels IFB-core, s’inscrivant dans certains axes thématiques de notre programme scientifique. Lors de chaque fin de session, l’équipe de direction IFB/ELIXIR-FR ont explicité les enjeux et perspectives pour notre infrastructure autour de ces axes suivi de temps d’échanges collectifs.
- Services numériques et IA avec des présentations du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) de l’IFB ; des développements dans Galaxy ; l’utilisation des LLM ; la bioimagerie à l’ère de l’IA ; le partage et la modélisation de pipelines Nextflow dans des environnements HPC ; EDAM MCP pour davantage d’annotation des ressources bioinfo.
- Orchestration des flux de données avec des outils pour faciliter la saisie des métadonnées en Biologie-santé dans les plans de gestion de données (PDG) ; comment structurer et rendre interopérable des PGD thématiques ; le lancement de madbot, application de databrokering pour garantir l’adoption des normes et principes FAIR ; les services proposés par la plateforme URGI pour la FAIRification des données ; la gestion des données en Metabarcoding.
- Outils logiciels et ressources de données avec des présentations autour du service pour l’utilisation de l’outil alphaScan pour le screening des interactions de protéines ; de Pyfiber, un outil web pour l’analyse des données de photométrie ; Panorama (nom en cours de changement) un outil pour l’utilisation et la visualisation des graphes de pangenome ; MetamORF une base de données de petits ORFs ; le système d’information développé par le projet ByteSea (PEPR ATLASEA) ; ABRomics, la plateforme d’analyse pour la recherche sur l’antibiorésistance.
Pour la dernière matinée, nous avons eu le plaisir d’accueillir notre Scientific Advisory Board (SAB). À cette occasion, deux « Highlights » autour du déploiement futur d’un nœud FEGA français et du projet Cloud4SAMS (PEPR SAMS) pour la gestion des données relatives au microbiome intestinal humain ont été proposés ; suivis d’une session thématique/discussions autour du traitement des données sensibles à l’IFB proposée et animée par la direction IFB.
Ce rendez-vous annuel a permis de fédérer nos équipes localisées sur toute la France et de renforcer notre dynamique pour 2026.