Du 22 au 26 juin, une délégation de l’IFB/ELIXIR-FR était à Clermont-Ferrand pour participer à la Galaxy Community Conference 2026 (GCC2026), l’événement phare de la communauté Galaxy au niveau international. Co-organisée par l’Université Clermont Auvergne (UCA), l’Institut Français de Bioinformatique (IFB/ELIXIR-FR) et la plateforme AuBi, ainsi que Johns Hopkins University (USA), cette édition a réuni 200 chercheur·ses, ingénieur·es, développeur·ses et responsables de plateformes, et une cinquantaine en visio, autour de l’environnement d’analyse de données Galaxy et des enjeux de la science ouverte et de l’analyse de données massives en sciences de la vie. Trois jours de conférence suivis de deux jours de formation et hackathon collaboratif, le CoFest, pour faire le point sur les projets en cours et en lancer de nouveaux.
Un récapitulatif complet de la conférence est disponible sur le site du projet Galaxy et les vidéos des présentations sont disponibles sur la chaîne YouTube dédiée. Cette édition a été marquée en particulier par les nombreuses présentations liées à l’utilisation de l’IA pour le développement et pour l’utilisation de Galaxy. Le compte rendu d’une session dédiée à cette thématique est lui aussi en ligne.
L’IFB/ELIXIR-FR était représenté tout au long de cette édition 2026 par Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé, Anthony Bretaudeau, Guillaume Kermogant et Nadia Goué ainsi que par des bioinformaticien·nes travaillant sur les plateformes de la communauté IFB (AuBi, Hub de Pasteur, Migale, ABiMS, GenOuest). De l’analyse de données aux dynamiques communautaires, ils/elles ont activement contribué aux différentes sessions. Plus largement, la communauté française Galaxy inclut désormais des thématiques “non-omics” comme le système Terre et l’écologie, bien représentées par des membres de Data Terra, le muséum de Concarneau et le BRGM.
Crédits photos – Bérénice Batut
Retrouvez en détail les talks et posters de notre équipe présente au GCC 2026
En tant qu’organisateur·ices, Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé et Anthony Bretaudeau ont inauguré la conférence avec une présentation de l’historique de la communauté Galaxy française (https://hal.science/hal-05693116, https://f1000research.com/slides/15-1124). Anthony Bretaudeau a plus tard participé à la présentation “Galaxy Community Update”, représentant ainsi la communauté française.
Sur le volet métagénomique et microbiome :
- Talk et Poster « FAIRyMAGs: A Modular, FAIR-Compliant Galaxy Workflow Suite for Flexible and Scalable Metagenome-Assembled Genome Reconstruction » par Bérénice Batut (IFB/ELIXIR-FR) et Paul Zierep (https://hal.science/hal-05685741)
Bérénice Batut a co-signé une présentation et un poster sur FAIRyMAGs, une suite de workflows modulaires et conformes aux principes FAIR, développée au sein de Galaxy pour la reconstruction et l’analyse de métagénomes (MAGs), en collaboration avec quatre nœuds ELIXIR dans le cadre du programme ELIXIR « Biodiversité, sécurité alimentaire et agents pathogènes » (BFSP).
- Poster « Microbiology Galaxy Lab: The first community-driven gateway for reproducible and FAIR analysis of microbiological data » par Bérénice Batut (IFB/ELIXIR France), Engy Nasr, Nikos Pechlivanis, Nikolaos Strepis, Paul Zierep (https://f1000research.com/posters/15-1114, https://hal.science/hal-05693236)
Bérénice Batut a co-signé un poster sur le Microbiology Galaxy Lab (MGL), une plateforme communautaire mondiale dédiée à l’analyse reproductible et conforme aux principes FAIR des données microbiologiques, développée sur le framework Galaxy.
Côté Biodiversité et Biotechnologie :
- Poster « The Biodiversity Genomics Galaxy Lab: A Collaborative Hub with curated tools, workflows and training » par Solenne Correard, Bérénice Batut, Anthony Bretaudeau (ELIXIR-FR), ELIXIR Biodiversity Community, Waterhouse Robert M. (https://f1000research.com/posters/15-1166)
Anthony Bretaudeau et Bérénice Batut ont co-signé un poster présentant le Biodiversity Galaxy Lab, un sous-domaine accessible à toute instance Galaxy, conçu pour rendre les vastes ressources bioinformatiques de Galaxy accessibles et pertinentes pour les chercheurs en génomique de la biodiversité. Il propose des sélections d’outils, de workflows et de tutoriels adaptés aux besoins de cette communauté scientifique dynamique.
Côté outils et infrastructure :
- Poster « Navigating Galaxy’s Growth: How CoDex Lower Barriers to Access » avec Solenne Correard, Anthony Bretaudeau, Bérénice Batut (IFB/ELIXIR France) et Paul Zierep (https://f1000research.com/posters/15-1115, https://hal.science/hal-05693206)
Anthony Bretaudeau et Bérénice Batut ont co-signé un poster présentant le Galaxy Codex, un catalogue des ressources (outils, tutoriels, workflows) Galaxy, que les différentes communautés peuvent filtrer pour leurs ressources et exposer à travers des Galaxy Labs, des sous-domaines Galaxy thématiques.
- Poster « Galaxy-BioProd: An Integrated FAIR Platform for Synthetic Biology, Biotechnology and Life Cycle Analysis » par Anthony Pragassam Thomas Chaussepied, Anthony Bretaudeau, Gildas Le Corguillé, Jean-Loup Faulon, Valentin Loux (https://f1000research.com/posters/15-1175 https://hal.science/hal-05694938)
Anthony Prassagam a co-signé avec l’équipe UseGalaxy.fr un poster décrivant l’utilisation du portail UseGalaxy.fr en support au projet Galaxy-BioProd.
Enfin, en marge de la conférence officielle, Anthony Bretaudeau et Gildas Le Corguillé ont représenté la communauté française au traditionnel Galaxy Summit, réunion annuelle de coordination entre les différentes communautés internationales (financements, usegalaxy.*, organisation des prochains GCC, …).
Pour en savoir plus sur cet événement, vous pouvez consulter le site dédié du GCC2026.