Présentation de madbot à l’Institut Pasteur

Invitée le 1er avril 2026 pour un séminaire à l’Institut Pasteur, l’équipe projet de madbot a présenté à une cinquantaine de participants, notre nouvel outil qui permet de répondre aux enjeux de gestion, de partage et de soumission des données biologiques.

En introduction de ce séminaire, Thomas Denecker et Julien Seiler, co-porteurs du projet, ont rappelé l’environnement actuel marqué par des données massives, à laquelle n’échappe pas la Biologie (6,5 milliards de séquences et 44,8 billions de bases recensées dans l’European Nucleotide Archive au 16/03/2026).

Dans ce contexte, madbot propose aux chercheurs un outil pour :

• Centraliser, annoter et organiser leurs données et métadonnées ;
• Collaborer efficacement en équipe ;
• Soumettre leurs jeux de données aux grands entrepôts publics.

Cette démarche permet ainsi de tendre vers des données plus FAIR (Findable, accessible, Interoperable, Reutilisable), l’un des piliers pour une science plus ouverte.

« madbot est né d’un constat : les chercheurs passent trop de temps à gérer leurs data et métadata. Notre objectif est de leur rendre du temps dédié aux analyses de ces données. » – l’équipe projet.

Afin de permettre une compréhension plus concrète, Imane Messak et Baptiste Rousseau, développeurs/bioinformaticiens au sein de la team madbotByIFB, ont proposé à l’assemblée une démonstration de l’outil. Pour un effet plus réaliste, ils se sont mis dans la peau de deux biologistes utilisateurs de madbot, concernés par cette problématique de gestion des données. Une démo réussie !

Depuis son lancement en décembre 2025, madbot compte déjà 80 utilisateurs et 59 workspaces actifs, 735 datalinks, 1340 metadata et 51 Go de données soumises. L’outil, conçu pour être modulaire et évolutif permet et permettra à la communauté scientifique de contribuer via des plugins adaptés à leurs besoins spécifiques.

Pour en savoir plus, retrouvez la présentation sur HAL et sur le site internet de madbot By IFB.