À l’ère de l’explosion des données en sciences de la vie et de la santé, savoir utiliser Unix est désormais indispensable aux chercheurs et aux étudiants. Pourtant, leur apprentissage reste un défi pour beaucoup, en raison de leur complexité et des barrières techniques (installation de logiciels, accès aux infrastructures, etc.). Pour répondre à ce besoin, le groupe e-formation de l’IFB/ELIXIR-FR a développé une approche pédagogique innovante :
- Des parcours d’apprentissage adaptés aux scientifiques, progressifs et accessibles même aux débutants disponibles via des fiches disponibles sur Zenodo.
- Des tutoriels interactifs en ligne sur une instance dédiée de la plateforme open-source Sandbox.bio, qui intègrent un terminal Unix directement dans le navigateur supprimant ainsi les freins liés à l’installation et à l’accès aux outils.
Cette approche inclusive et durable, présentée dans une publication récente du journal PLOS Computational Biology, offre un accès étendu aux compétences essentielles en bioinformatique, tant pour les étudiants que pour les professionnels des sciences de la vie.
Une solution inclusive et efficace
Évaluée dans différents contextes, cette approche est :
- Accessible : pas d’installation, tout se fait en ligne.
- Interactive : les apprenants pratiquent directement les commandes, pour un apprentissage concret.
- Progressive : chacun avance à son rythme, selon son niveau.
« Cette approche offre une solution durable et inclusive pour former les scientifiques aux compétences Unix, essentielles pour analyser et gérer les données biologiques de plus en plus complexes. » – Le groupe e-formation de l’IFB
Ce projet s’inscrit pleinement dans la mission de l’IFB : faciliter l’accès aux outils et compétences en bioinformatique pour la communauté scientifique. Il est le fruit du travail d’experts pédagogiques, bioinformaticiens et développeurs du groupe e-formation, engagés pour une science plus ouverte et accessible.
Pour en savoir plus, vous pouvez consulter la publication détaillant le travail et les réalisations du groupe e-formation : https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1014133
Le groupe e-formation de l’IFB envisage d’étendre cette approche à d’autres compétences clés en bioinformatique, toujours avec l’objectif de rendre la science plus accessible, collaborative et innovante.
Pour en savoir plus, découvrez :
- les tutoriels sur Sandbox.bio hébergé IFB
- les fiches unix pour l’évaluation et auto-évaluation disponibles sur Zenodo
Ou consultez les prochaines formations proposées par l’IFB/ELIXIR-FR.