Pour la seconde année consécutive, le programme de recherche France 2030 « Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé » (PEPR SAMS) a organisé ses journées scientifiques annuelles, auxquelles a participé l’équipe du projet Cloud4SAMS. Cette édition s’est tenue les 31 mars et 1er avril à l’auditorium de l’Institut Imagine (Paris), réunissant les acteurs du programme pour discuter autour des nouveaux projets soutenus par le programme de recherche et des avancées des projets déjà lancés.
À cette occasion, une intervention du projet Cloud4SAMS était programmée (matinée du mardi 31 mars) au cours de laquelle C. Médigue a présenté les grandes lignes du projet, en rappelant ses objectifs ainsi que les principales avancées depuis 18 mois. C. Blanchet a ensuite détaillé les développements réalisés autour de Biosphère (le Cloud académique de l’IFB dont il est responsable), qui a été enrichi d’applications dédiées à l’analyse des données métagénomiques couvrant les besoins de cas d’usage de Cloud4SAMS : 4 nouvelles appliances mettent à disposition des outils de traitement de données métagénomiques reconnus internationalement dans le domaine (MetaPhlan, Meteor, mOTUs, MAGNETO) et 1 appliance (MIASSM) met à disposition une base de données structurant des jeux de données de microbiomes publics.
Retour en images sur ces journées. ©️PEPRSAMS
Ces journées scientifiques du PEPR SAMS avaient également pour but de discuter de divers sujets d’intérêt pour l’ensemble des communautés de recherche : apport de l’IA dans le domaine, la gestion des données, l’appui aux politiques publiques ou encore la recherche participative. Dans ce contexte, au cours de la matinée du 1ᵉʳ avril, Claudine Médigue (CNRS, co-PI Cloud4SAMS) a animé une table ronde autour de l’analyse et la gestion des données du microbiome avec Hugues Berry, responsable du pôle IA & numérique de l’Inserm et trois membres du projet Cloud4SAMS : Nicolas Pons (INRAe, co-PI Cloud4SAMS), Christophe Blanchet (CNRS, co-coordinateur WP3, infrastructure numérique), et Guillaume Gautreau (INRAe, co-coordinateur du WP6, aspects réglementaires). Les échanges ont permis d’adresser les problématiques réglementaires soulevées par le caractère potentiellement identifiant des données de microbiome.
Ces deux journées ont été l’occasion de valoriser les avancées du projet Cloud4SAMS et de favoriser les échanges entre les différents acteurs du domaine !