L’ouverture de madbot, annoncée en avant-première lors du All-Hands IFB/ELIXIR-FR début décembre 2025, est désormais accessible à la communauté scientifique. Chercheurs et acteurs de la recherche peuvent désormais explorer, tester et utiliser madbot afin d’organiser, orchestrer et publier au mieux leurs données scientifiques de manière plus simple et efficace.
Qu’est-ce que madbot ?
Développé par l’IFB, madbot est un outil conçu pour accompagner les chercheurs dans la gestion, la description et le partage de leurs données scientifiques. Face à l’augmentation continue du volume de données de recherche, il devient de plus en plus complexe de garantir leur accessibilité, leur réutilisabilité et leur compréhension sur le long terme.
Madbot apporte une réponse à ces enjeux en proposant une solution automatisée, standardisée et flexible, conforme aux standards internationaux de métadonnées. Il permet de structurer et de décrire les données de façon cohérente, tout en apportant un gain de temps considérable à cette étape.
Une ressource ouverte à la communauté
Ce nouvel outil constitue un espace partagé permettant :
- d’expérimenter les fonctionnalités de madbot,
- de bénéficier d’un accès anticipé aux améliorations et aux nouveaux modules,
- de contribuer au développement de l’outil en partageant retours et suggestions.
En ouvrant cette instance, le choix est fait d’une démarche transparente et co-construite avec la communauté pour répondre au mieux aux besoins des chercheurs.
Des fonctionnalités pensées pour faciliter le partage des données
Grâce à son interface intuitive, madbot est accessible même aux utilisateurs ne disposant pas d’expertise technique. En arrière-plan, l’outil automatise l’organisation des données, contrôle leur qualité et détecte d’éventuelles erreurs afin de garantir des métadonnées fiables et de haute qualité.
Madbot s’intègre également avec des plateformes et infrastructures internationales telles que Zenodo ou l’ENA (European Nucleotide Archive), permettant aux chercheurs de soumettre directement leurs données vers ces entrepôts, en toute simplicité.
Conçu sur une architecture extensible, madbot peut s’adapter à différents contextes de recherche : il facilite l’intégration de nouveaux standards de métadonnées, de solutions de stockage ou de dépôts de données, assurant ainsi une interopérabilité optimale avec les infrastructures existantes.
Et après ?
Dans les prochaines semaines, plusieurs évolutions viendront enrichir l’instance :
- ajout de nouvelles fonctionnalités et plugins,
- mise à disposition de tutoriels et de documentation,
- collecte des retours utilisateurs afin d’améliorer continuellement la plateforme.
En simplifiant le dépôt et le partage des données, madbot s’inscrit pleinement dans une démarche de science ouverte, en levant les freins à la diffusion des données et des résultats de recherche tout en favorisant leur réutilisation par la communauté scientifique internationale.
La team madbot invitée au 1er BioStream de 2026 !
Le 14 janvier, Imane Messak, Baptiste Rousseau et Elora Vigo étaient les invités des JeBif pour présenter madbot dans ce 1er Biostream de l’année. Le BioStream est l’émission live mensuelle sur YouTube et Twitch de l’association des jeunes bioinformaticiens de France(JeBif) ! Vous ne l’avez pas vu ? Découvrez le replay sur YouTube !
Vous souhaitez en savoir plus, découvrir l’outil et contribuer à son développement ?