L’IFB/ELIXIR-FR était présent les 25 et 26 juin derniers à l’Assemblée générale de France Génomique (FG), via ses plateformes membres IFB aussi associées à FG. Une participation dense et variée, qui témoigne de la vitalité des liens entre les deux infrastructures.
Des contributions variées au programme
Morgane Thomas-Chollier, directrice de l’IFB et responsable de la plateforme GenomiqueENS (plateforme membre de France Génomique), a présenté l’IFB/ELIXIR-FR, ses missions et ses axes stratégiques, avant de dresser le bilan du hackathon IA de l’IFB.
Thomas Denecker (IFB-core) a présenté l’outil madbot développé au sein de l’IFB/ELIXIR-FR, pour la gestion, la description et le partage des données scientifiques. Jusqu’ici présenté comme un outil d’accompagnement pour les chercheurs, un nouveau cas d’usage a été présenté, illustrant les synergies entre IFB/ELIXIR-FR et France Génomique. Pour ce cas d’usage, c’est la plateforme productrice ou d’analyse de données qui s’interface directement à madbot, dans l’espace collaboratif du projet du chercheur. Laurent Jourdren (GenomiqueENS, France Génomique) a présenté un retour d’expérience sur ce cas d’usage, automatisant l’ajout des données et métadonnées via des scripts dédiés vers l’API de madbot. Suite à ce retour positif, plusieurs plateformes présentes à l’assemblée générale se sont montrées intéressées à intégrer madbot dans leur processus, car il répond à un vrai besoin de rassembler les données et métadonnées tout au long de la durée du projet, au fil de leur production, avec un gain de temps pour le chercheur au moment de la soumission en fin de projet. Cet usage répond aux enjeux de souveraineté numérique et de conformité aux politiques européennes de science ouverte, en garantissant aux plateformes et aux chercheurs un accompagnement vers des données conformes aux principes FAIR.
Plusieurs plateformes membres de l’IFB ont également présenté leurs travaux : Genotoul Bioinfo avec une intervention axée sur la détection de variants dans les pangénomes, Migale avec un système de gestion des projets d’analyses et un panorama des modèles d’IA pour l’analyse de données biologiques, CUBIC (plateforme de l’Institut Curie) avec ses avancées pour l’annotation de cellules uniques avec des modèles IA, et ATGC avec un système permettant d’interfacer des outils pour leur utilisation sur le mésocentre. Des posters ont aussi été présentés par les plateformes Genotoul Bioinfo, Hub Pasteur et AuBI.
Cette édition 2026 a illustré une fois de plus la complémentarité entre les deux infrastructures : de nombreuses plateformes IFB sont également des plateformes associées de France Génomique, faisant de l’AG un moment privilégié d’échanges et de mise en valeur des expertises communes.