ABBA

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure de recherche française labellisée qui fédère 21 plateformes membres, 7 plateformes contributrices et 8 équipes associées, pour développer des services, des formations et des projets innovants en bioinformatique. Il a pour ambition de couvrir tous les domaines d’expertise de la bioinformatique et ses champs d’application : recherche fondamentale, santé, agriculture, environnement, microbiologie…). L’IFB est également le nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR (ESFRI).

L’infrastructure numérique de l’IFB est actuellement distribuée sur 12 sites, opérés par 10 plateformes membres. Chaque nœud déploie une infrastructure de calcul de type cluster HPC et/ou cloud computing aux côtés des 2 ressources “core” IFB. Le NNCR IFB (National Network for Computing Resources) a été initialement financé par le PIA1 RENABI-IFB, complété depuis par des fonds régionaux (CPER) et européens (FEDER) (voir la section 5.2 pour le financement récent).

Le présent projet, ABBA (Accelerating Bioinformatics for Biology Applications), vise à compléter l’équipement informatique financé par le projet PIA3 MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life Sciences). ABBA met un focus sur une montée en puissance de l’usage des serveurs de type GPU et sur le stockage associé pour répondre à la demande croissante sur ce type d’équipements et aux derniers développements algorithmiques. Grâce à leurs nombres d’unités de calcul bien supérieurs aux classiques CPU, les GPU permettent en effet un gain significatif en temps de traitement et ainsi d’absorber, au moins en partie, l’augmentation du volume de données à traiter.

Quant aux applications basées sur l’apprentissage profond ou l’intelligence artificielle (IA), accélérées par les GPU, elles n’en sont qu’au début mais ont déjà vu émerger des outils comme Alphafold2 qui a révolutionné la biologie structurale.