Inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » des publications :
Descriptif du projet
L’objectif de Galaxy-BioProd de fournir des outils et des ressources génériques et partagés pour concevoir, exécuter et suivre les projets des différents axes du PEPR B-BEST. Pour cela, un portail centralisé est en cours de développement, regroupant des outils logiciels ainsi que des ressources de calcul et de stockage. Au-delà des besoins du PEPR, Galaxy-BioProd vise à réduire les coûts et délais de la R&D afin d’accélérer le développement des (bio)catalyseurs, de la bioingénierie de souches et des (bio)procédés associés. Ce dispositif inédit pourrait bénéficier durablement aux communautés de la biologie de synthèse, de la biocatalyse et des biotechnologies industrielles.
Afin de standardiser les démarches encore largement basées sur l’essai-erreur, la communauté de biologie synthétique a adopté la démarche DBTL (Design-Build-Test-Learn). Si ce cadre est désormais la norme des biofonderies (dont celles de l’alliance mondiale), chaque structure conserve encore ses propres pratiques et pipelines. Galaxy-BioProd vise ainsi à mutualiser et standardiser ces outils selon les principes FAIR (Findability, Accessibility, Interoperability, Reusability).
Pour faciliter cette harmonisation FAIR, nous utilisons la plateforme Galaxy, système de gestion de workflows éprouvé (+8 000 outils), accessible via navigateur web, proposant des ressources de formation et assurant la reproductibilité des analyses de données expérimentales. Nos développements s’appuient sur des ressources existantes du Galaxy ToolShed, couvrant notamment les analyses omiques (dont métabolomique) et l’ingénierie de souches. L’écosystème Galaxy est en cours d’enrichissement avec de nouveaux outils (TRL1 à TRL4) spécifiques au PEPR B-BEST, incluant notamment : la rétrosynthèse chimique/biochimique multi-souches, l’optimisation des séquences enzymatiques, l’apprentissage automatique pour la conception expérimentale automatisée, la modélisation multi-échelle de bioréacteurs industriels, les modèles hybrides pour le pilotage en ligne et la modélisation ACV des produits biosourcés. Il est prévu d’accompagner chaque outil d’une formation en ligne. Une première session a eu lieu en octobre 2024.
Source ANR
