Descriptif du projet
La normalisation et l’accessibilité des données sur les plantes restent un défi majeur pour la recherche agricole. La norme MIAPPE, développée dans le cadre des projets transPLANT et ELIXIR-EXCELERATE, a considérablement fait progresser l’unification de la saisie des données, tandis que l’étude de mise en œuvre FONDUE a contribué à l’intégration des ensembles de données phénotypiques et génotypiques. Néanmoins, des défis persistent pour parvenir à une conformité totale des données sur les plantes aux principes FAIR.
Le projet Harvest vise à relever les défis en rendant les ensembles de données (DROPS, AGENT) conformes aux principes FAIR grâce à la dernière version de MIAPPE, qui couvre désormais des cas d’utilisation plus diversifiés et plus complexes. Ce processus comprendra notamment l’enrichissement de la documentation MIAPPE avec des exemples d’ensembles de données, la mise à jour du matériel de formation et l’amélioration des mappages vers d’autres formats interopérables tels que BrAPI, Bioschemas et ISA-Tab/JSON.
Le projet vise également à établir des liens à l’aide de FAIDARE vers des référentiels tels que EMBL-EBI EVA, e!DAL-PGP, recherche.data.gouv et Zenodo, afin d’améliorer le partage des données et les possibilités de réutilisation. Une extension des pages RDMkit Plant Sciences sera mise en œuvre afin de servir de centre principal d’informations sur la FAIRification des données végétales.
Participation d’ELIXIR-FR
- Activité 1 : FAIRification des ensembles de données existants (responsable)
- Activité 2 : Mise à jour de la documentation relative aux normes, aux lignes directrices en matière de gestion des données de recherche et aux listes de contrôle
- Activité 3 : Extension du portail de découverte de données sur les plantes FAIDARE avec de nouvelles ressources RO-Crate
- Activité 4 : Extension de l’indexation FAIDARE (utilisation de PLANTdataHUB comme cas d’utilisation), extension à d’autres référentiels pertinents préparés (Dataverse, Zenodo)
