Descriptif du projet
Le CoS FAIRyMAGS vise à accélérer la recherche en métagénomique en fournissant aux chercheurs un cadre complet et accessible pour la construction de MAG. Ce cadre simplifiera non seulement le processus de création de MAG, mais facilitera également la reproductibilité, la collaboration et l’innovation au sein de la communauté ELIXIR Microbiome.
Participation d’ELIXIR-FR :
- Tâche 2.1 : Développer un tutoriel adapté aux chercheurs ayant différents niveaux d’expertise
- Tâche 2.2 : Collaborer avec des experts de la communauté ELIXIR Microbiome et Galaxy afin de garantir l’exactitude, la pertinence et l’accessibilité des supports de formation
- Tâche 2.3 : Publier les supports de formation sur le Galaxy Training Network, afin de les rendre librement accessibles à la communauté scientifique mondiale.
- Tâche 2.4 : Organiser et animer un atelier en ligne à l’aide des supports de formation développés.
Actualités
2 au 5 juin 2025 – Mini-symposium du projet FAIRyMAGs au ELIXIR All-Hands 2025
Lors du mini-symposium “FAIRyMAGS – Optimising Metagenomics Assembled Genomes building: workflow finalisation, training material development, real data evaluation, and resource allocation tool creation” dans le cadre du volet scientifique Biodiversity, Food Security and Pathogens (BFSP), une mise à jour du projet FAIRyMAGs a été présentée. Bérénice Batut (IFB/ELIXIR-FR) a exposé les avancées sur le développement et le partage du workflow Galaxy pour la construction de génomes assemblés à partir de métagénomique (MAGs). Les prochaines étapes incluent un hackathon (octobre 2025), la création de supports de formation, l’évaluation sur données réelles et le développement d’un outil de répartition des ressources. Les slides sont disponibles ici.
6 et 9 octobre 2025 – Hackathon FAIRyMAGs
Dans le cadre du projet FAIRyMAGs du programme ELIXIR BFSP, ELIXIR-FR a participé au hackathon du 6 au 9 octobre 2025, ainsi qu’à la journée “social event” le 10 octobre.
Le projet ELIXIR FAIRyMAGs a organisé un hackathon de quatre jours à Fribourg dans le cadre du programme ELIXIR BFSP (Biodiversity, food security and pathogens). Ce CoS FAIRyMAGs lancé en janvier 2025 pour une durée de 20 mois, est co-dirigé par Bérénice Batut (IFB-ELIXIR-FR) et Paul Zierep (ELIXIR-DE), en collaboration les nœuds ELIXIR France, ELIXIR Allemagne, ELIXIR Italie, EMBL-EBI. Au programme de ce hackathon : s’appuyer sur le travail préliminaire du projet, en Invitant la communauté MAGs à discuter et à développer toutes les idées liées à la génération de MAGs.
Pour en savoir plus, retrouvez le debrief scientifique de ce hackaton sur le site de Galaxy Project.