Inclure la phrase suivante dans la section « Funding » ou « Acknowledgement » des publications :
Descriptif du projet
L’analyse de l’impact du microbiome humain sur la santé représente un défi scientifique et médical qui soulève à la fois des questions technologiques (données massives, dispersées et hétérogènes) et éthiques (nature potentiellement identifiante des données de microbiome). Dans ce contexte, le projet ciblé Cloud4SAMS du programme de recherche France 2030 « Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé », vise à déployer une infrastructure numérique de calcul et de stockage permettant aux scientifiques d’exploiter des données de microbiomes et de santé dans un environnement informatique sécurisé. L’architecture et l’implémentation s’appuient sur l’expertise et les standards développés par l’IFB (catalogue des ressources bioinformatiques, outils de FAIRisation et de data brokering) et par le réseau ELIXIR (catalogue bio.tools, workflow hub, ontologie EDAM, Federated European Genome Archive).
Les jeux de données produits par des projets de microbiome (notamment ceux qui seront financés par le du programme de recherche France 2030 SAMS) et les outils logiciels et workflows pour le traitement de ces données seront indexés dans le catalogue Cloud4SAMS (WP2), et serviront de briques de base pour définir des recettes de déploiement décrivant l’ensemble des procédures permettant d’instancier une machine virtuelle dans un cloud sécurisé ou académique (WP3). L’accès à ces données est facilité par une interface qui gère les demandes auprès des comités d’accès de chaque projet, la validation des autorisations, l’extraction ad hoc des données et leur transfert vers les espaces sécurisés (WP4). Ces accès seront en accord avec la réglementation en vigueur concernant l’utilisation des données de santé (en y incluant les données de microbiome). Le WP6 du projet Cloud4SAMS va ainsi fournir des recommandations, des procédures et des lignes directrices pour le partage des données sensibles dans les conditions ad-hoc. Le projet comporte aussi un volet important consacré à la dissémination et à la formation (WP5) : appui aux producteurs de données pour l’évaluation de la qualité des données, l’amélioration des métadonnées, et la soumission aux entrepôts de référence ; formation des usagers aux ressources informatiques (catalogue, portail d’accès, environnements sécurisés) mais aussi aux questions éthiques et juridiques en matière de données personnelles.
En tenant compte des ressources financières et des délais, Cloud4SAMS se limitera à implémenter une preuve de concept (Proof Of Concept, POC) visant à déployer toutes les briques de base et à mettre le système à l’épreuve de quelques cas d’usages sélectionnés (WP7) sur base de données produites par les équipes partenaires ou disponibles en accès public.
WP1 – Coordination et management du projet
Co-responsables : Nicolas Pons (INRAE), Claudine Médigue (CNRS)
Objectifs :
- Établissement des documents contractuels.
- Mise en place et gestion du schéma de gouvernance.
- Organisation des réunions du consortium, des rapports financiers et scientifiques.
- Mise en place des Groupes de Travail transversaux aux projets nationaux de bioinformatique microbienne portés par l’IFB.
- Définition des actions pour la durabilité de la plateforme Cloud4SAMS au-delà de son financement initial.
WP2 – Catalogue de ressources numériques
Co-responsables : Nicolas Pons (INRAE), Claudine Médigue (CNRS), Samuel Chaffron (CNRS)
Objectifs :
- Fournir un catalogue fédéré de ressources informatiques en tant que boîte à outils générique standardisée pour la gestion des données du microbiome et le traitement de base :
- données produites par les projets de microbiome ;
- logiciels, outils et workflows ;
- installations informatiques adaptées au traitement des données du microbiome et de la santé.
- Permettre de définir des recettes de déploiement décrivant les procédures d’instanciation d’un environnement virtuel dans un cloud sécurisé (WP3).
- Favoriser la conformité avec les normes nationales et internationales en s’appuyant sur des ressources existantes (ex : le catalogue IFB des ressources bioinformatiques, les référentiels ELIXIR bio.tools et WorkflowHub).
WP3 – Environnement numérique sécurisé
Co-responsables : Christophe Blanchet (CNRS), Antoine Fraboulet (INRIA)
Objectifs :
- Concevoir, déployer et tester un environnement cloud hautement sécurisé de traitement des données pour les chercheurs travaillant avec des données sur le microbiome et la santé, conforme aux réglementations relatives aux données sensibles.
- Participer à la mise en place des technologies de sécurité nécessaires pour garantir ou améliorer le niveau de confidentialité, d’intégrité et de disponibilité des données traitées dans les installations informatiques NNCR de l’IFB ciblées.
- Améliorer et enrichir les environnements existants (catalogue Biosphère de l’IFB) afin de répondre aux exigences spécifiques du projet Cloud4SAMS.
- Évaluer la chaîne mise en œuvre, depuis les recettes de déploiement (machines virtuelles, infrastructure sécurisée ciblée, transfert de données…) jusqu’aux capacités des chercheurs à accéder à leurs environnements en toute sécurité et à traiter leurs données à travers les cas d’usage définis dans Cloud4SAMS.
WP4 – Gestion des accès aux données
Co-responsables : Alban Gaignard (CNRS), David Salgado (Inserm)
Objectifs :
- Permettre un accès simplifié aux données de microbiomes par une interface conviviale qui gère :
- les demandes auprès des comités d’accès de chaque projet ;
- la validation ou le refus des autorisations ;
- l’extraction ad hoc des données ;
- et leur transfert vers les espaces sécurisés.
- Développer une API assurant l’interopérabilité avec les ressources fédérées.
- Garantir la traçabilité de toutes les transactions.
- Identifier les meilleures procédures de transfert de données.
WP5 – Training and dissemination
Co-responsables : Hélène Chiapello (INRAE)
Objectifs :
- Développement de matériels de formation et organisation de sessions de formation aux différents composants de Cloud4SAMSOrganisation de hackathons pour impliquer la communauté dans l’adoption et l’amélioration de Cloud4SAMS.
- Organisation du courtage des données (data brokering) dans des entrepôts de données pérennes, sécurisés et compatibles avec la réglementation des données.
- Organisation de la communication scientifique (publications, conférences, webinaires, workshops) pour promouvoir l’intérêt de la science ouverte et du partage des données dans un écosystème sécurisé de confiance qui permettra d’accélérer la recherche dans le domaine du microbiome et de la santé.
WP6 – Considérations éthiques, juridiques et sociales
Responsable : Nathalie Gandon (INRAE)
Objectifs :
- Documenter le cadre réglementaire :
- Rendre accessible ce cadre ;
- Proposer des documents types (protocoles, fiches d’information, consentement, etc.) ;
- Proposer une organisation INRAE en coordination avec les services concernés (DAJ, DSB, DPO, etc.) ;
- Former les porteurs de projets.
- Accompagner les porteurs de projets financés par le programme de recherche France 2030 SAMS sur la conformité réglementaire liée aux recherches impliquant la personne humaine.
- Qualifier les données du microbiote :
- Analyser si elles peuvent devenir directement identifiantes ou non ;
- Éclairer les mesures de sécurité nécessaires à leur traitement.
Afin que les développements de la plateforme Cloud4SAMS soient parfaitement adaptés aux besoins des futurs utilisateurs, quatre cas d’usage ont été identifiés (dans un premier temps). Ils doivent permettre de :
- Tester l’articulation et la performance des briques de l’infrastructure ;
- Décrire et implémenter des recettes type de déploiement dans les environnements de traitement adaptés ;
- Lever des verrous limitant le partage des données et garantir le partage de confiance ;
- Identifier les besoins et intégrer des nouvelles ressources de référence en lien avec le WP2 (bases de données, outils, méthodologies…).
Ces cas d’usage sont décrits dans la figure ci-dessous :
Les détails des différents Use cases seront disponibles très prochainement. Nous vous invitons à consulter cette page ultérieurement.
26 septembre 2024 – Lancement du projet
6 février 2025 – 1er journée du PEPR SAMS
Le projet Cloud4SAMS a été présenté lors de la première journée scientifique annuelle du programme de recherche France 2030 Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé (PEPR SAMS) qui s’est tenue le 6 février 2025.
2028 – Fin du projet
L’ensemble des publications affiliées au projet Cloud4SAMS sont à retrouver dans HAL.
19 et 20 novembre 2025 – Hackathon de l’équipe développement
L’équipe de développement de Cloud4SAMS s’est réunie les 19 et 20 novembre à Paris pour un hackathon dédié à l’innovation et à l’évolution du projet. Bien plus qu’une simple session de travail intensif, ce hackathon a permis de tester de nouvelles idées, de déployer de nouveaux développements stratégiques nécessaires au projet Cloud4SAMS, mais également de renforcer les liens au sein de l’équipe de développeurs.
13 novembre 2025 – Présentation du projet lors de la journée annuelle du PEPR SAMS
16 octobre 2025 – Réunion annuelle du projet
La réunion annuelle du projet Cloud4SAMS, en présence de 3 représentants de l’ANR, 4 représentants de la direction du PEPR SAMS, des membres du Copil et des co-coordinateurs du projet, s’est déroulée en visioconférence le 16 Octobre 2025. Claudine Médigue et Nicolas Pons ont présenté les avancées et la feuille de route révisée, qui ont été très bien accueillies par l’ANR et le PEPR SAMS : ils ont été unanimes sur la qualité/clarté des exposés et la maîtrise des étapes du projet Cloud4SAMS.
Un des points majeurs de la réunion concernaient les aspects réglementaires et la protection des données (WP6) qui soulèvent de nombreuses questions, allant au-delà du périmètre de Cloud4SAMS. La direction du PEPR souhaite recevoir une note synthétique sur les problématiques et difficultés soulevées par le WP6 afin de partager et communiquer ces informations au niveau multi-institutionnel. Par ailleurs, les co-coordinateurs de Cloud4SAMS sont encouragés à organiser un atelier autour de la gestion et de la protection des données des projets du PEPR SAMS, ainsi que d’autres projets d’analyse de données de microbiotes humain.
6 et 7 mai 2025 – Workshop du projet (actualité disponible sur le site du PEPR SAMS)
Le consortium du projet ciblé Cloud4SAMS s’est réuni les mardi 6 et mercredi 7 mai 2025 pour un workshop organisé au siège de l’Inserm à Paris. L’objectif de ce workshop était d’identifier et prioriser les développements de fonctionnalités de la plateforme sécurisée Cloud4SAMS à travers une présentation détaillée des besoins de différents cas d’usage identifiés.
Le plan d’actions établi à la suite de ce workshop inclut l’enrichissement du catalogue de méthodes d’analyse métagénonomique du Cloud IFB ainsi que l’organisation de tutoriels et ateliers pour l’utilisation de l’environnement Biosphère par les membres du consortium. Parallèlement, le déploiement des appliances Biosphère sera testé dans Arcana (Cloud HDS Inria). Des initiatives sont également lancées pour mutualiser les workflows métagénomiques, améliorer la découvrabilité des données, et développer deux prototypes à partir de cas d’usage concrets.