Services

Les services de l’IFB ont deux objectifs principaux : le déploiement d’un service de haute performance en bioinformatique optimisé pour les besoins des communautés des sciences de la vie et le développement de ressources bioinformatiques innovantes pour répondre aux défis stratégiques en matière de santé, d’environnement et d’agriculture.

Dans ce contexte, l’IFB offre à la communauté, un portefeuille de services sur différents volets :

• L’e-infrastructure de calcul

L’ensemble de l’offre de calcul (les clusters et la fédération de Cloud) de l’IFB est porté par le NNCR (Réseau national de ressources informatiques). Pour en savoir plus

• Galaxy France – UseGalaxy.fr

Le service usegalaxy.fr est géré par les équipes de l’IFB-core, et plus particulièrement par les plateformes ABIMS, Genouest et Aubi. Les utilisateurs bénéficient d’espaces de stockage pour leurs données, localisés en France à Orsay sur le core cluster de l’IFB, comprenant une puissance de calcul très importante et un support utilisateurs en français via le site Community Support de l’IFB. Certains outils installés sont développés par des équipes françaises, comme celles du MNHN ou de Workflow4Metabolomics.

Usegalaxy.fr et sa communauté en quelques chiffres, c’est pas moins de :

• 97 nœuds de calcul
• 4800 CPU-cores
• 63 To de RAM
• 4 Po de stockage
• Plus de 9000 utilisateurs
• 5,5M jobs en 2025 (et l’année n’est pas terminée !)
• 1850 outils classés par thématiques

Galaxy France propose 10 sous-domaines (<sub-domain>.usegalaxy.fr ) : ecology ; metabarcoding ; proteore ; covid19 ; workflow4metabolomics ; met4j ; plants-pathogens ; mnhn ; microbiology ; singlecell.

Aujourd’hui, Galaxy France est reconnu comme une ressource nationale essentielle en bioinformatique, et son impact est multiple :

• Point de contact entre les communautés française et internationale Galaxy
• Socle pour l’analyse de grands projets de recherche nationaux et européens, comme ABRomics, EOSC, le PEPR ATLASea ou encore Galaxy-BioProd (PEPR B-Best)
• De nombreuses formations Galaxy sont données au niveau national et européen par les équipes formations de l’IFB/ELIXIR-FR

 Pour en savoir plus sur Galaxy France et rejoindre la communauté, rendez-vous sur usegalaxy.fr.

L’accompagnement des chercheurs est un service opéré uniquement sur nos plateformes régionales (pas de service centralisé au niveau national).

Vous cherchez une solution d’analyse de données ? Nous vous invitons à vous rapprocher des équipes et experts des plateformes locales qui proposent ce service. Voir la page des plateformes pour être orienté vers les experts adaptés.

L’accompagnement des chercheurs est un service opéré uniquement sur nos plateformes régionales (pas de service centralisé au niveau national).

Vous cherchez une solution d’analyse de données ? Nous vous invitons à vous rapprocher des équipes et experts des plateformes locales qui proposent ce service. Voir la page des plateformes pour être orienté vers les experts adaptés.

Développés par nos plateformes.

Ils sont intégrés au catalogue des services de l’IFB. Certains sont également labellisés au SDP ELIXIR.

Développés et opérés par l’IFB-core. 

• Le catalogue de l’IFB

Outil développé pour les besoins de l’IFB, il répertorie l’ensemble des plateformes de l’IFB, les outils, les services et les formations organisées par la fédération.

Pour retrouver les prochaines formations

Pour retrouver les outils et services

• Ressources et outils en science ouverte

À retrouver dans notre page dédiée

Développés par d’autres structures de bioinformatique en France.

Ils sont disponibles sur Bio.Tools, et intégrés au catalogue des services de l’IFB.

Développés par nos plateformes.

Les plateformes régionales de l’IFB hébergent des bases de données spécialisées.

Développées / opérées en partenariat avec l’IFB-core

• Plateforme d’Analyse d’ABRomics

Maturité : en cours

Version : V1.3

analysis.abromics.fr est une plateforme web en cours de développement qui vise à renforcer la surveillance et la recherche sur la résistance aux antibiotiques, dans le cadre d’une approche One Health.

Pour en savoir plus sur ce projet

• Atlas des génomes marins – projet Byte-Sea sur PEPR ATLASea

Maturité : en cours

Version : –

Le projet vise à développer des interfaces permettant d’accéder aux données, de suivre l’avancement et de piloter le programme ATLASea.

Pour en savoir plus sur ce projet

Régionales : une offre de formations thématiques est proposée par notre réseau de plateformes et équipes associées.

Nationales et européennes : Une offre de formations est organisée et pilotée par notre unité coordinatrice, au niveau national. Certaines sont organisées en partenariat d’autres nœuds ELIXIR, la Galaxy Training Network, ou d’autres partenaires institutionnels.

Cette offre de formations est à retrouver dans l’agenda du catalogue de l’IFB.

L’Institut français de bioinformatique contribue ou coordonne des projets scientifiques nationaux et européens, au travers de financements PIA, PEPR et modes de financements français, ainsi que par sa participation aux projets européens via Elixir et le développement des infrastructures en bioinformatique.
Cette participation illustre son engagement dans le développement des infrastructures et la recherche scientifique en Biologie-Santé.

Guichet d’assistance et FAQ : accès au support et aux réponses pratiques.