L’équipe de développement de Cloud4SAMS s’est réunie les 19 et 20 novembre dans les locaux de l’IFB-core sur le campus CNRS de Villejuif pour un hackathon dédié à l’innovation et à l’évolution du projet. Deux jours de travail intense pour proposer encore plus de fonctionnalités à notre infrastructure numérique. L’objectif final ? Offrir aux scientifiques un environnement sécurisé de calcul et de stockage pour le traitement des données de microbiome et leur appariement avec des données de santé (personnelles et sensibles).
Au cours de ce Hackathon, les participants ont pu mettre leurs compétences au service de Cloud4SAMS, en particulier en proposant les développements nécessaires à l’intégration de plusieurs applications et pipelines bioinformatiques de métagénomique microbienne pour les intégrer dans le cloud IFB-Biosphère :
– Identification des ressources Biosphère utiles aux développements ;
– Installation de nouveaux logiciels bioinformatiques avec les technologies usuelles ;
– Utilisation des outils de pipelines et workflow standards en bioinformatique ;
– Intégration avancée des outils ;
– Développement des scripts d’intégration des logiciels bioinformatiques à partir d’une app Biosphère existante ;
– Test des versions réalisées ;
– Description des appliances dans le catalogue RAINBio avec les standards de méta-données.
Bien plus qu’une simple session de travail intensif, ce hackathon a permis de tester de nouvelles idées, de déployer de nouveaux développements stratégiques nécessaires au projet Cloud4SAMS, mais également de renforcer les liens au sein de l’équipe dev.