L’IFB/ELIXIR-FR propose des services pour accompagner la communauté de recherche en Biologie-Santé à rendre leurs données FAIR (Findable Accessible Interoperable Reutilisable). Nous contribuons par ailleurs aux initiatives nationales de l’écosystème Recherche Data Gouv et du Comité pour la Science Ouverte (CoSO) via le collège des Données de la recherche, ainsi qu’aux travaux en science ouverte pilotés par l’INRAE et le CNRS.
Données
Données de la recherche
L’IFB/ELIXIR-FR s’inscrit dans le Plan national pour la science ouverte, en proposant des services selon deux axes :
- Les données : Structurer, partager et ouvrir les données de la recherche
- Les logiciels : Ouvrir et promouvoir les codes sources produits par la recherche
Vous pouvez également consulter nos projets de R&D en Science Ouverte dans la page dédiée.
Concernant l’accès ouvert aux publications, nos travaux sont accessibles librement via notre collection HAL.
Le cycle de vie des données
- Que sont les données de la recherche, les enjeux liés à leur gestion raisonnée et l’intérêt de leur diffusion ? : Guide à destination des chercheuses et chercheurs
- Qu’est-ce que le cycle de vie des données ? Affiche réalisée par l’INRAE
Des membres de l’IFB/ELIXIR-FR ont également contribué à la rédaction de guides pratiques sur le sujet :
Formations
Nous proposons régulièrement les formations FAIR-DATA pour se former à la gestion FAIR des données. Les supports de formation sont disponibles sur notre site Moodle de Formations.
Les ressources et outils de l'IFB en science ouverte
Développés par nos plateformes
- Ils sont intégrés au catalogue des services de l’IFB.
- La plateforme URGI propose des services pour la gestion FAIR des données des plantes d’intérêt pour l’agriculture et les forêts. Pour en savoir plus
Développés et/ou opérés par l’IFB-core
MadBot – gestion des métadonnées et soumission des données aux entrepôts
Maturité : Finalisé
Version : V1
Madbot est un outil conçu pour aider les chercheurs à gérer et partager plus facilement leurs données scientifiques.
FairChecker – évaluation de la conformité aux principes FAIR
Maturité : finalisé
FAIR-Checker, logiciel développé par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), est un outil en ligne facilitant l’évaluation aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), la remontée d’indicateurs et l’amélioration de la qualité des métadonnées pour les ressources web en science de la vie.
Data Stewardship Wizard (DSW) – plan de gestion de données (PGD) et d’entités pour les plateformes
Maturité : finalisé
DSW, développé via ELIXIR Europe, est un système en ligne dédié aux plans de gestion des données (PGD). À son échelle, l’IFB maintient un service Data Stewardship Wizard et participe à sa traduction en français, afin de répondre aux besoins de différentes infrastructures nationales partenaires en biologie-santé.
Développés par d’autres structures de bioinformatique en France
Ils sont disponibles sur Bio.Tools, et intégrés au catalogue des services de l’IFB.
Logiciels
Logiciels et codes sources
À retrouver sur le GitLab et le GitHub de l’IFB/ELIXIR-FR
Formations
Nous proposons régulièrement les formations FAIR-BIOINFO et WF4Bioinfo mettre en œuvre les principes FAIR dans les projets d’analyse bioinformatique/biostatistique et de développement de workflow et d’outils logiciels. Les supports de formation sont disponibles sur notre site Moodle de Formations.
Guide
ELIXIR propose des bonnes pratiques pour que les logiciels et workflows bioinformatiques soient développés en accord avec les principes FAIR.
Focus sur un guide
Que sont les logiciels et codes, pourquoi les ouvrir participe à rendre les résultats de la recherche reproductible ?