Science ouverte

L’IFB/ELIXIR-FR propose des services pour accompagner la communauté de recherche en Biologie-Santé à rendre leurs données FAIR (Findable Accessible Interoperable Reutilisable). Nous contribuons par ailleurs aux initiatives nationales de l’écosystème Recherche Data Gouv et du Comité pour la Science Ouverte (CoSO) via le collège des Données de la recherche, ainsi qu’aux travaux en science ouverte pilotés par l’INRAE et le CNRS.

L’IFB/ELIXIR-FR s’inscrit dans le Plan national pour la science ouverte, en proposant des services selon deux axes :

• Les données : Structurer, partager et ouvrir les données de la recherche
• Les logiciels : Ouvrir et promouvoir les codes sources produits par la recherche

Vous pouvez également consulter nos projets de R&D en Science Ouverte dans la page dédiée.

Concernant l’accès ouvert aux publications, nos travaux sont accessibles librement via notre collection HAL.

Des membres de l’IFB/ELIXIR-FR ont également contribué à la rédaction de guides pratiques sur le sujet :

• Guide simplifié – Gestion des données de vos recherches à l’usage des porteurs de projets
• The Research Data Management toolkit for Life Sciences (RDMkit) : Best practices and guidelines to help you make your data FAIR 
• ELIXIR’s Research Data Management guidelines

Nous proposons régulièrement les formations FAIR-DATA pour se former à la gestion FAIR des données. Les supports de formation sont disponibles sur notre site Moodle de Formations.

Développés par nos plateformes

• Ils sont intégrés au catalogue des services de l’IFB.
• La plateforme URGI propose des services pour la gestion FAIR des données des plantes d’intérêt pour l’agriculture et les forêts. Pour en savoir plus

 Développés et/ou opérés par l’IFB-core

MadBot – gestion des métadonnées et soumission des données aux entrepôts 

Maturité : Finalisé

Version : V1

Madbot est un outil conçu pour aider les chercheurs à gérer et partager plus facilement leurs données scientifiques. Face à l’augmentation constante du volume de données de recherche, il devient de plus en plus difficile de garantir leur accessibilité, leur réutilisabilité et leur compréhension. Bien que d’autres outils existent pour faciliter certaines étapes de ce processus, ils manquent souvent d’automatisation, de standardisation ou de flexibilité. Madbot résout ces problèmes en proposant une solution simple et complète, conforme aux normes internationales de données, simplifiant ainsi la publication des travaux des chercheurs. Il automatise une grande partie du travail d’organisation et de description des données, ce qui représente un gain de temps et d’énergie considérable pour les chercheurs. Madbot contribue également à garantir une description correcte et cohérente des données, conformément aux normes établies. Cela facilite leur recherche et leur utilisation ultérieure. L’outil se connecte à diverses plateformes internationales telles que Zenodo et ENA (European Nucleotide Archive), permettant aux chercheurs de soumettre directement leurs données à ces référentiels en toute simplicité. L’interface intuitive de Madbot permet aux utilisateurs d’interagir avec le système même sans expertise technique. En coulisses, l’outil assure une organisation optimale, vérifie automatiquement les erreurs et aide les chercheurs à créer des métadonnées précises et de haute qualité. L’architecture de Madbot est conçue pour être facilement extensible, permettant ainsi son intégration avec diverses solutions de stockage de données, entrepôts de données et normes de métadonnées. Cette flexibilité permet aux chercheurs d’adapter l’outil à leurs besoins spécifiques, garantissant une interopérabilité parfaite avec différentes infrastructures de recherche. En simplifiant le processus de soumission des données de recherche, Madbot encourage les chercheurs à adopter les principes de la science ouverte, rendant ainsi leurs travaux plus accessibles. En définitive, Madbot contribue à réduire les obstacles au partage des données de recherche et facilite la contribution des scientifiques à la communauté scientifique internationale.

Pour découvrir et utiliser MadBot

FairChecker – évaluation de la conformité aux principes FAIR 

Maturité : finalisé

FAIR-Checker, logiciel développé par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), est un outil en ligne facilitant l’évaluation aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), la remontée d’indicateurs et l’amélioration de la qualité des métadonnées pour les ressources web en science de la vie. Avec une portée européenne, puisqu’il a été labellisé SDP ELIXIR,  FAIR-Checker est aujourd’hui largement utilisé, puisque l’on compte une moyenne de 115 000 évaluations de métriques FAIR effectuées chaque mois en 2024.

Pour découvrir et utiliser Fair-Checker

Data Stewardship Wizard (DSW) – plan de gestion de données (PGD) et d’entités pour les plateformes

Maturité : finalisé

DSW, développé via ELIXIR Europe, est un système en ligne dédié aux plans de gestion des données (PGD). À son échelle, l’IFB maintient un service Data Stewardship Wizard et participe à sa traduction en français, afin de répondre aux besoins de différentes infrastructures nationales partenaires en biologie-santé. L’IFB appuient ces structures dans la conception de leurs plans de gestion de données thématiques et ainsi définir les stratégies de leurs différentes plateformes. L’objectif est de pouvoir à terme faire bénéficier l’ensemble de leurs utilisateurs de PGD dits machine actionnable, afin de faciliter le travail à la fois des scientifiques en charge des données que des administrateurs de plateformes.

L’instance IFB est dédiée principalement à l’élaboration collaborative de modèles de plan de gestion des données thématiques, en collaboration avec des infrastructures nationales partenaires (FBI, France Génomique, ProFI, MetaboHUB, ChemBioFrance…). Différents modèles thématiques sont accessibles : bioimagerie, génomique, protéomique, métabolomique et cytométrie. Ces trames sont utilisées par de nombreuses plateformes pour élaborer leurs plans de gestion de données entités.

Un travail sur l’interopérabilité avec DMP-OPIDOR est en cours, afin de pouvoir disposer sur l’outil développé par l’INIST des modèles et PGDs remplis sur DSW.

Pour découvrir DSW@IFB l’instance française de DSW

Développés par d’autres structures de bioinformatique en France

Ils sont disponibles sur Bio.Tools, et intégrés au catalogue des services de l’IFB.

Logiciels et codes sources

À retrouver sur le GitLab et le GitHub de l’IFB/ELIXIR-FR

Formations

Nous proposons régulièrement les formations FAIR-BIOINFO et WF4Bioinfo mettre en œuvre les principes FAIR dans les projets d’analyse bioinformatique/biostatistique et de développement de workflow et d’outils logiciels. Les supports de formation sont disponibles sur notre site Moodle de Formations.

Guide

ELIXIR propose des bonnes pratiques pour que les logiciels et workflows bioinformatiques soient développés en accord avec les principes FAIR.

Software development guidelines