IFB-core, l'unité coordinatrice

L’unité d’appui et de recherche IFB-core (UAR 3601) est l’unité coordinatrice de l’Institut Français de Bioinformatique /ELIXIR-FRANCE (IFB / ELIXIR-FR). Elle constitue l’interface entre le réseau de plateforme de l’IFB, ses tutelles, et la communauté bioinformatique nationale et internationale, notamment auprès du réseau européen ELIXIR.

L’IFB-core assure la coordination scientifique, technique et administrative de l’infrastructure. En effet, l’unité orchestre les besoins administratifs de l’IFB / ELIXIR-FR ; coordonne le réseau national d’infrastructures de calcul et de stockage en bioinformatique ; structure la mutualisation les outils, services et formations auprès de la communauté, et représente la France au sein d’ELIXIR.

Par ailleurs, l’IFB-core coordonne un programme scientifique national qui repose sur les grandes actions de l’IFB (calcul et stockage, développement logiciel, science-ouverte et interopérabilité), ainsi qu’autour des thématiques scientifiques comme la santé, la biodiversité, l’agronomie et la microbiologie.

L’IFB-core est organisée en 11 équipes opérationnelles et 1 équipe administrative et support. Les membres de l’ensemble de ces équipes sont à retrouver dans le trombinoscope de l’unité (en haut de page).

> Soutien à la recherche : L’IFB-core offre des services et infrastructures numériques à la communauté des chercheurs et ingénieurs en sciences de la vie et de la santé. Outre les services des plateformes, l’unité coordonne une infrastructure nationale décentralisée (NNCR – National Network of Computing Resources), composée d’équipements de calcul et de stockage, et d’environnements logiciels. Elle coordonne également des services de formation au niveau national.

> Programme de R&D : L’IFB-core mène un programme de recherche et développement ambitieux, transversal et international. Ce programme vise à développer les composantes nécessaires à l’exploitation des données biologiques, en mettant en place un environnement logiciel modulaire et des outils spécialisés pour la gestion et l’analyse de données omiques, d’imagerie et de structure. Ces développements respectent les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) qui encadrent la gestion des données scientifiques de la science ouverte.

Pour accompagner le développement de ses activités, l’IFB-core a structuré une équipe dédiée à l’administration et au support. Elle est organisée autour de cinq pôles :

Cette équipe assure des missions clés telles que la gestion administrative et financière, la gestion du personnel, le suivi budgétaire de l’IFB-core ainsi que des projets nationaux et européens coordonnés par l’IFB, la communication interne et externe de l’IFB, la gestion et la sécurisation du parc informatique ainsi que la mise en place et la maintenance des outils de partage d’information.

Les 11 équipes opérationnelles mettent en œuvre et participent au programme scientifique au travers les actions et communautés de l’IFB-core et développent les services pour la communauté bioinformatique.

Les quatre communautés de l’IFB sont réparties par équipes thématiques :

• C1.Santé ;
• C2.Agronomie ;
• C3.Biodiversité ;
• C4.Microbiologie.

Elles ont pour objectif d’identifier et de développer des ressources et services importants pour la recherche, aux niveaux national et international.

Ces services s’appuient sur des collaborations avec les INBS producteurs de données ainsi qu’avec les infrastructures des Systèmes Terre.

Les communautés de l’IFB agissent ainsi à la fois comme contributrices aux ressources et services de l’IFB, et comme relais auprès des chercheurs en sciences du vivant des domaines correspondants.

En tant qu’ELIXIR-FR, l’IFB assure également le lien entre chaque communauté française et les plateformes et communautés d’ELIXIR.

ELIXIR permet un travail à l’échelle européenne sur l’interopérabilité des données et des outils, et offre des opportunités de financements communs.

La valeur ajoutée de l’infrastructure nationale et de son effet de levier à l’international a été largement reconnue par les organismes de recherche, qui ont sollicité l’IFB pour piloter plusieurs projets de développement en bioinformatique dans le cadre des appels ciblés PEPR (Programmes et Équipements Prioritaires de Recherche), France 2030 (anciennement les Programmes d’Investissements d’Avenir – PIA) et PPR (Programmes Prioritaires de Recherche).

Le programme MuDiS4LS comprend des études de mise en œuvre spécifiquement dédiées à ces communautés, afin de garantir que les livrables des Work Packages (WP) technologiques répondent aux besoins des chercheurs de ces domaines des sciences du vivant, avec un accent transversal sur la FAIRisation, l’intégration, l’analyse et le partage des données.

L’unité coordinatrice de l’IFB propose des services mutualisés pour accompagner les chercheurs, professionnels de santé, institutions et étudiants dans la gestion, l’analyse et la valorisation des données biologiques, au travers de ses sept équipes :

• M1 – Calcul et stockage (NNCR)

L’IFB déploie une infrastructure nationale de calcul et de cloud computing, conçue pour répondre aux besoins croissants en puissance de traitement et en stockage. Ce socle technique distribué permet d’héberger et d’exécuter des analyses bioinformatiques à grande échelle, tout en garantissant accessibilité et performance. Il soutient de nombreux projets nationaux stratégiques, notamment dans les domaines de la génomique et de la surveillance épidémiologique.

L’unité coordinatrice pilote et opère une infrastructure nationale décentralisée (le NNCR – National Network of Computing Resources), qui est constituée d’équipements de calcul et stockage, et d’environnements logiciels apportant un support aux utilisateurs.

• M2 – Outils logiciels

Pour tirer pleinement parti de ces ressources, l’IFB développe, maintient et diffuse des logiciels et outils bioinformatiques, tout en promouvant des pratiques de développement ouvertes, reproductibles et interopérables. Il contribue ainsi à renforcer la qualité des analyses et la pérennité des solutions mises à disposition des communautés scientifiques.

• M3 – Bases de connaissances

L’IFB s’engage également dans la structuration, la curation et la mise à disposition de bases de connaissances expertes, couvrant des domaines allant des maladies rares à l’immunogénétique. Ces ressources, labellisées pour certaines à l’échelle européenne ou internationale, jouent un rôle fondamental dans l’enrichissement des données et leur réutilisation à long terme.

• M4 – Formation

La formation constitue un autre pilier essentiel de l’action de l’IFB. En effet, l’unité coordinatrice rassemble des services de formation à l’échelle nationale, en réponse aux besoins évolutifs des communautés scientifiques en bioinformatique et en gestion des données. À travers son catalogue national et les initiatives portées par ses plateformes régionales, il propose des formations adaptées à tous les niveaux, du chercheur débutant au bioinformaticien confirmé. L’IFB participe également à l’élaboration de référentiels de compétences et à la professionnalisation de la filière bioinformatique en France.

• T1 – Science ouverte & interopérabilité

L’accompagnement de la transition vers la science ouverte est au cœur des priorités de l’IFB. L’infrastructure agit pour faciliter l’application des principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) à toutes les étapes de la production et du traitement des données. Elle propose pour cela des outils d’aide à la gestion des données, des guides de bonnes pratiques, ainsi qu’un appui opérationnel aux équipes de recherche.

• T2 – Relation réseau des INBS

L’IFB s’inscrit par ailleurs dans un écosystème plus large, en lien étroit avec les autres infrastructures nationales en biologie et santé. Il œuvre à l’interopérabilité des services, au partage des outils et à l’harmonisation des pratiques, contribuant ainsi à structurer un environnement cohérent et durable pour les sciences du vivant à l’échelle nationale et européenne.

• T3 – Orientation & accompagnement

Enfin, l’IFB propose un accompagnement personnalisé pour orienter les utilisateurs vers les services, outils ou expertises adaptés à leurs besoins. Grâce à un guichet unique et à un catalogue structuré, il facilite l’accès à l’ensemble des compétences disponibles dans le réseau, qu’il s’agisse de demandes ponctuelles ou de projets collaboratifs d’envergure.