Le noeud français ELIXIR - IFB

Présentation générale
L'équipe de coordination

ELIXIR Europe est une infrastructure de recherche européenne pour les données biologiques, qui coordonne, développe et rassemble des ressources en sciences de la vie à travers l’Europe. Ces ressources comprennent des bases de données, des outils logiciels, des supports de formation, du stockage cloud et des supercalculateurs. ELIXIR coordonne et développe également des services en sciences de la vie dans toute l’Europe, les Service Delivery Plan (SDP) dans toute l’Europe. Ces projets sont généralement remontés pas les différents nœuds puis labellisés ELIXIR SDP pour une mise à disposition de la communauté scientifique européenne. Enfin, les CoS ELIXIR sont des projets techniques internes qui orientent les services futurs, l’adoption de normes ou le développement scientifique, et favorisent également les connexions entre les nœuds ELIXIR.

Inscrite sur la feuille de route des infrastructures de recherche ESFRI (Forum stratégique européen sur les infrastructures de recherche) depuis 2006 et reconnue comme « Landmark » en 2016, ELIXIR vise à coordonner ces ressources afin de former une infrastructure unique et ainsi faciliter la recherche et le partage de données, l’échange d’expertise et la définition de bonnes pratiques pour les scientifiques. ELIXIR a récemment accepté de piloter le nœud EOSC (European Open Science Cloud) de recherche en sciences de la vie (avec EMBL, Instruct and EuroBioImaging) Il s’inscrit donc au côté des 12 autres nœuds EOSC sélectionnés dans la construction de la fédération EOSC.

ELIXIR est une infrastructure distribuée composée de nœuds nationaux, qui sont des centres d’excellence nationaux en bioinformatique. La coordination de cette organisation est assurée par le Hub ELIXIR, basé à Hinxton (Royaume-Uni) sur le Wellcome Genome Campus, qui héberge également l’EMBL-EBI. Aujourd’hui, l’infrastructure comprend 22 nœuds (dont l’EMBL-EBI et trois pays observateurs).

Afin de coordonner au mieux les activités des plateformes, communautés et nœuds qui composent la structure, l’orientation scientifique d’ELIXIR Europe est guidée par un programme scientifique quinquennal. Le programme actuel s’étend sur la période 2024-2028 d’ELIXIR.

Pour plus d’informations sur ELIXIR Europe

L’IFB/ELIXIR-FR, nœud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique en sciences de la vie

L’IFB est le nœud français d’ELIXIR, une infrastructure nationale en support à la recherche en bioinformatique en France. ELIXIR France collabore avec les autres nœuds d’ELIXIR afin de développer des services numériques européens pour les sciences de la vie. Les scientifiques français spécialisés dans ce domaine ont ainsi accès à de grandes quantités de données de qualité, à des outils logiciels, à des services de stockage et d’analyse de données et à des formations.

ELIXIR France est membre provisoire d’ELIXIR depuis 2015 et a lancé le processus de signature de l’accord de consortium ELIXIR (ECA) afin de devenir membre à part entière de l’organisation fin 2024.

Quelles sont les contributions de la France dans ELIXIR ?

Plateformes, Communautés et Focus Group - pour une meilleure prise en compte des enjeux scientifiques

Les membres d’ELIXIR-FR s’impliquent fortement dans la coordination de plateformes, de communautés et de focus groups ELIXIR Europe.

Plateformes ELIXIR – Les activités d’ELIXIR sont divisées en 5 domaines technologiques, appelés plateformes : la formation, les outils, les données, le calcul et l’interopérabilité.

Jusqu’à fin 2025, ELIXIR-FR est co-coordinatrice de la plateforme Tools.

Communautés ELIXIR – Celles-ci sont composées d’experts européens qui développent des normes, des services, des formations, et participent aux projets ELIXIR sur des thématiques de recherche d’intérêt commun dans le domaine des sciences de la vie. Elles contribuent également au développement des plateformes ELIXIR et fournissent un retour d’expérience sur les services des plateformes afin de garantir que ces services soient pratiques et utiles dans leur domaine d’application.

Actuellement, ELIXIR-FR est co-coordinatrice des communautés Cancer, HCNV, Plant Sciences, Microbiome et Toxicologie.

Focus Group – Ce sont des structures agiles qui rassemblent les parties prenantes autour d’un sujet spécifique. Leurs objectifs, aborder des sujets d’intérêt émergents et identifier une stratégie à suivre à l’échelle d’ELIXIR Europe.

À ce jour, des membres ELIXIR-FR contribuent aux focus group Domestic Animals Genome and Phenomene, ainsi que Communities Futur.

Des services labellisés au niveau européen

ELIXIR-FR contribue par ailleurs à identifier et soutenir des services en bioinformatique sur le territoire national avec une approche en deux étapes :

Sélectionnés et proposés des services français d’intérêt national et international pour les chercheurs en science de la vie au Service Delivery Plan (SDP).

À ce jour, l’IFB/ELIXIR-FR est à l’origine et contribue aux évolutions de 38 services labellisés, comme EDAM, bio.tools, useGalaxy.fr, TeSS, …

Parmi ceux-ci, le portail de formation TeSS est un exemple qui répertorie sur un seul site web, les supports et les formations en bioinformatique européennes. Il permet aux scientifiques de trouver plus facilement la formation dont ils ont besoin, mais également de mieux les faire connaître.

Comment les services sont-ils sélectionnés ?

La labellisation des services par ELIXIR passe par un processus annuel, ouvert et transparent visant à se conformer à un ensemble de critères conçus pour garantir une qualité de service élevée et correspondre aux priorités de la France telles qu’identifiées par nos financeurs.

Certains de ces services d’envergure internationale et bien intégrés avec les autres ressources des nœuds ELIXIR candidatent aux labels ELIXIR Core Data Resource, ELIXIR Deposition Database ou Recommended Interoperability Resource.

Ainsi, Orphadata Science est devenu Core Data Ressource soulignant son importance pour la gestion et l’intégration des données sur les maladies rares. Nous pouvons également citer le Bioimage Bioinformatic Index, devenu Recommended Interoperability Resource, une ressource importante pour aider les chercheurs à choisir les meilleurs outils en analyse d’image.

Cos - des projets européens internes du programme scientifique d’ELIXIR

Par ailleurs, le nœud français participe activement à plus de 60 Commissioned Services qui ont contribué à la mise en œuvre des programmes scientifiques quadriennaux d’ELIXIR qu’ils contribuent à rédiger.

Les principaux projets en cours auxquels ELIXIR-FR contribue ou qu’il coordonne incluent :

Programme 2019–2023 :