L’année 2025 a été marquée par une dynamique forte autour des formations organisées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) / ELIXIR France. Intelligence artificielle, workflows reproductibles, analyse de données omiques, et sous différents formats: tutorat BYOD, cours, ateliers, … Ces initiatives ont rassemblé une communauté scientifique variée, en recherche d’expertises pratiques et d’échanges interdisciplinaires.
Intelligence artificielle : une montée en puissance dans l’offre de formation
Trois formations dédiées à l’IA ont eu lieu cette année.
- Artificial Intelligence and Machine Learning in Life Sciences, 19 au 23 mai à Aussois
Cette formation intensive a réuni des experts issus de quatre nœuds ELIXIR (France, Belgique, Suisse, Grèce). Le programme couvrait les fondamentaux du machine learning, l’apprentissage profond, les modèles génératifs ainsi que les enjeux réglementaires (DOME, AI Act européen).
Une session « Bring Your Own Data » (BYOD) a permis aux participants d’appliquer ces méthodes à leurs propres jeux de données, favorisant une mise en pratique directement ancrée dans leurs projets.
- Utilisation des IA génératives, 13 juin à Paris
En complément, une formation ciblée sur les usages des IA génératives dans les sciences de la vie a permis de présenter les bonnes pratiques, les limites, les méthodologies et les cas d’usage concrets en bioinformatique et en analyse de données.
- AlphaFold et au-delà : modélisation 3D des protéines, 10 au 12 décembre à Orsay
Organisée avec l’IDRIS et plusieurs plateformes IFB, cette nouvelle formation a initié les participants à la modélisation 3D de protéines et complexes avec l’écosystème AlphaFold. Deux cas d’application étaient proposés pour cette première édition : l’analyse d’interactions protéiques et l’échantillonnage massif de prédictions avec MassiveFold. Les participants ont pu utiliser les ressources GPU de Jean Zay, interpréter les résultats d’AlphaFold et mobiliser des outils de post-analyse, avant une session d’échanges dédiée aux problématiques individuelles.
L’IFB/ELIXIR-FR prévoit de poursuivre ces actions de formations IA en 2026.
EB3I niveau 1 et 2 : un enseignement structurant pour le traitement des données omiques
Portée par l’Inserm, l’IFB et l’INRAE, l’École de Bioinformatique EB3I a proposé deux niveaux en 2025.
- EB3I Niveau 2, 1er au 6 juin à Roscoff
Destinée aux participants ayant acquis les compétences du niveau débutant, cette formation intermédiaire a alterné sessions théoriques, ateliers pratiques et tutorat collectif. Trois ateliers thématiques étaient proposés en parallèle : RNA-seq, ChIP-seq et variants DNA-seq. L’analyse a été menée en ligne de commande et en R, sur les ressources compute de l’IFB-core.
Cette édition a accueilli 17 participants dans une atmosphère studieuse et collaborative.
- EB3I Niveau 1, 17 au 21 novembre à Roscoff
La formation débutante s’est déroulée à la Station Biologique de Roscoff. Pendant cinq jours, les participants ont été initiés au traitement des données de variants, ChIP-seq, Bulk RNA-seq et Single-Cell RNA-seq, avec une introduction aux technologies long-read.
Le format inclut des ateliers interactifs et une approche BYOD permettant de travailler sur ses propres données grâce à la mise en place d’un tutorat.
Cette édition a accueilli 39 participants et 17 intervenants.
FAIR-BIOINFO - Workflows bioinformatiques : WF4bioinfo et ANF MERIT
La thématique des workflows a également été fortement représentée cette année.
- WF4Bioinfo 2025, 29 septembre au 1er octobre à Paris
Cette formation, organisée en partenariat avec iPOP-UP (EDC), s’adresse aux bioinformaticiens et bioanalystes souhaitant maîtriser les langages de workflows pour des analyses reproductibles.
Les participants apprennent à développer et exécuter des workflows sur les ressources IFB, que ce soit sur cluster ou dans le cloud.
- ANF MERIT – « Workflow et reproductibilité », 25 au 27 novembre à Paris
Formation avancée et complémentaire à WF4Bioinfo, cette Action Nationale de Formation du réseau MERIT, en partenariat avec l’IFB, approfondit les principes FAIR appliqués aux workflows.
Le programme inclut la rédaction d’un workflow complet (Nextflow, Snakemake), son exécution et son optimisation grâce à l’intelligence artificielle.
Dans le cadre de cette formation, l’IFB a également mis à disposition son infrastructure numérique
FAIRomics : deux sessions de formation pour les doctorants européens
Le projet européen FAIROmics (2024–2028), coordonné par l’INRAE, vise à structurer un réseau de doctorants autour des graphes de connaissances appliqués à l’étude d’aliments végétaux fermentés.
L’IFB/ELIXIR-FR contribue activement au programme de formation et a organisé deux sessions en 2025 :
- formation « Data Management » lors de la Winter School (février 2025)
- formation « FAIR principles applied to bioinformatics » lors de la Summer School à Paris (juin 2025)
Ces formations témoignent de l’engagement constant de l’IFB/ELIXIR-FR et de ses partenaires à accompagner la communauté des sciences du vivant dans l’évolution rapide des outils bioinformatiques, de l’intelligence artificielle aux workflows FAIR. Rendez-vous en 2026 pour de nouveaux modules de formations ainsi que des nouvelles sessions des formations que nous donnons annuellement (agenda des formations de l’IFB).
Metagenomics and Metatranscriptomics initiation
À la demande du laboratoire d’Écologie Microbienne de Lyon, l’équipe Formation de l’IFB a organisé les 17 et 18 juin à Lyon, une session de deux jours sur l’analyse de données métagénomiques et métatranscriptomiques avec Galaxy. Les participants ont acquis des compétences théoriques et pratiques, réalisé des analyses sur des données fournies et initié des projets sur leurs propres jeux de données, avec l’accompagnement de l’équipe pédagogique.