Les supports de formations de l’IFB
L’ensemble des ressources pédagogiques de l’Institut Français de Bioinformatique sont à retrouver sur le site dédié.
Une infrastructure nationale de calcul à disposition des formateurs
Vous êtes formateur et vous cherchez une solution pour héberger vos sessions de formation pour des durées variables ?
L’IFB soutient les formations (cursus universitaires, écoles scientifiques, formations permanentes, workshops, hackathons…) par la fourniture d’une infrastructure bioinformatique et informatique avec des outils adaptés. Que ce soit par la mise en place de machines virtuelles dédiées sur Biosphère (la fédération de clouds de l’IFB) ou par la création d’espaces de travail partagés sur le Core-cluster de l’IFB, les formateurs peuvent accéder à des ressources de calculs et des environnements spécifiques de la bioinformatique pour leurs étudiants.
Les procédures de demande sont les suivantes :
Le Core-cluster de l’IFB peut héberger des sessions de formation pour des durées variables (allant du TP sur une journée, à des formations sur plusieurs mois).
La formation peut s’effectuer :
- depuis le nœud de login du cluster en ssh
- ou depuis le portail OnDemand pour utiliser JupyterLab ou Rstudio
- ou depuis https://usegalaxy.fr
Les accès aux outils Rstudio Server et JupyterLab se font à partir du portail Open Ondemand. Nous vous proposons une page de présentation, et la documentation pour découvrir Open OnDemand.
Pour https://usegalaxy.fr veuillez vous référer directement au point #5.
Nous devons avoir toutes les informations relatives à la formation (outils à installer, comptes étudiants à créer, réservation à créer, etc.) au moins 3 semaines avant le début de la formation.
- La demande de service
- Création des comptes formateurs et étudiants
Nous demandons aux formateurs d’avoir un compte nominatif, pour cela demander votre compte.
Pour les comptes étudiants, nous recommandons :
- des comptes génériques de type student1, student2 etc dans le cas de formations courtes de type TP (dans tous les cas moins d’un mois).
- des comptes nominatifs pour les formations plus longues.
L’équipe IFB Core Cluster peut vous créer les comptes génériques.
Pour les comptes nominatifs, les étudiants peuvent faire leur demande de compte sur https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/ en spécifiant le nom du projet utilisé pour la formation. Les comptes nominatifs permettent de plus aux étudiants de continuer à utiliser le cluster au terme de la formation.
Le formateur en tant que propriétaire du projet peut ensuite ajouter les étudiants au projet. Si cette solution n’est pas possible, nous pouvons également créer les comptes étudiants nominatifs en batch à partir d’une liste.
Notez que nous demandons à tous nos utilisateurs de fournir une adresse académique et non de type gmail, outlook…
- Besoins particuliers pour le projet
Si vous avez besoin de sous-dossiers particuliers dans le projet, vous devez alors expliquer vos besoins dans la demande de service.
Vous pouvez par exemple avoir un sous dossier data, qui sera en lecture seule pour les étudiants. Ou bien un sous projet par étudiant, qui sera en lecture seule pour les autres étudiants mais en écriture pour l’étudiant et le formateur.
Une fois vos besoins expliqués dans la demande de service, nous mettrons en place ces sous dossiers pour vous.
- Réservation de nœuds de calcul
Nous pouvons vous réserver des nœuds de calcul pour votre formation. Une réservation est utile dans le cas de formations courtes comme un TP, où il est crucial de ne pas avoir de problèmes de latence ou de performance.
Pour utiliser la réservation, l’apprenant devra exécuter la commande : module load training/<nom de la formation>
- Cas spécifique de usegalaxy.fr
L’instance https://usegalaxy.fr utilise son propre système d’authentification, distinct du cluster.
Il n’est pas actuellement possible d’y créer des comptes anonymes mais notez que les ouvertures de compte sont rapides sur usegalaxy.fr et ne demande pas d’étape de validation.
Les demandes de formation se font directement sur https://usegalaxy.fr/tiaas
Pour utiliser la fédération des Clouds de l’IFB, consultez la procédure disponible sur Biosphère et faites une demande de compte.