Galaxy est une plateforme gratuite et open source, incontournable au sein de la communauté de recherche en science de la vie. Grâce à son interface web “clic-bouton”, Galaxy permet aux non-experts de la ligne de commande Unix d’analyser leurs données. Mais Galaxy, c’est beaucoup plus que cela : il permet de créer et partager des workflows, comme vitrine aux développeurs d’outils qui, via le catalogue Galaxy, en assure sa large diffusion, et s’articule ainsi avec les environnements Rstudio et Jupyter… Le projet a pour ambition de rendre la science plus FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reutilisable), en facilitant l’accès aux outils de calcul en ligne, de commande via une interface web unifiée ou via une API.
La communauté Galaxy est dynamique et s’implique tant dans l’amélioration de l’écosystème que dans la formation des utilisateurs.
Dans le cadre de la formation, l’univers Galaxy se compose de la « Galaxy Training Network », l’un des piliers de l’écosystème qui propose des ressources pédagogiques ouvertes et collaboratives afin de former les utilisateurs aux diverses analyses bioinformatiques sur Galaxy.
L’IFB/ELIXIR-FR est aujourd’hui très impliqué dans Galaxy. Au niveau européen : en participant à l’animation des communautés Galaxy autour de la formation, et au développement de la plateforme. En France, en mettant à disposition des chercheurs, une plateforme nationale (Usegalaxy.fr) hébergée et gérée sur le Core Cluster IFB.
Une plateforme mondiale pour démocratiser la bioinformatique
Développé aux États-Unis, Galaxy se décline à travers plusieurs serveurs publics interconnectés, parmi lesquelles des instances globales usegalaxy.org (États-Unis), usegalaxy.eu (Europe) et à visée plus nationale comme usegalaxy.org.au (Australie) et usegalaxy.fr (France). Ces plateformes usegalaxy servent une communauté mondiale toujours grandissante de plus de 500 000 utilisateurs. Usegalaxy.fr est aujourd’hui un service ELIXIR (SDP) accessible à toute la communauté.
Usegalaxy.fr : un outil au service des communautés scientifiques nationales
Le service usegalaxy.fr est géré par les équipes de l’IFB-core, et plus particulièrement par les plateformes ABIMS, Genouest et Aubi. Les utilisateurs bénéficient d’espaces de stockage pour leurs données, localisés en France à Orsay sur le core cluster de l’IFB, comprenant une puissance de calcul très importante et un support utilisateurs en français via le site Community Support de l’IFB. Certains outils installés sont développés par des équipes françaises, comme celles du MNHN ou de Workflow4Metabolomics.
Usegalaxy.fr et sa communauté en quelques chiffres, c’est pas moins de :
- 97 nœuds de calcul
- 4800 CPU-cores
- 63 To de RAM
- 4 Po de stockage
- Plus de 9000 utilisateurs
- 5,5M jobs à mi-2025 2025
- 1850 outils classés par thématiques
Galaxy France propose 10 sous-domaines (<sub-domain>.usegalaxy.fr ) : ecology ; metabarcoding ; proteore ; covid19 ; workflow4metabolomics ; met4j ; plants-pathogens ; mnhn ; microbiology ; singlecell.
Aujourd’hui, Galaxy France est reconnu comme une ressource nationale essentielle en bioinformatique, et son impact est multiple :
- Point de contact entre les communautés française et internationale Galaxy ;
- Socle pour l’analyse de grands projets de recherche nationaux et européens, comme ABRomics, EOSC, le PEPR ATLASea ou encore Galaxy-BioProd (PEPR B-Best) ;
- De nombreuses formations Galaxy sont données au niveau national et européen par les équipes formations de l’IFB/ELIXIR-FR.
Pour en savoir plus sur Galaxy France et rejoindre la communauté, rendez-vous sur usegalaxy.fr.